與黃顙魚個體生長性狀相關的SNP標記及應用制造技術

本申請公開了與黃顙魚個體生長性狀相關的SNP標記及其應用。該SNP標記位于15號染色體的第19195072個堿基處，突變類型為C/G，命名為Chr15:19195072C>G，其優選基因型是GG。對該候選SNP標記進行引物設計，并在185個雄性個體中進行驗證，證實了該SNP標記也適用于雄性黃顙魚個體。在另一個黃顙魚養殖群體中SNPChr15:19195072C>G在生長性狀上也存在顯著性差異，表明該SNP在黃顙魚生長性狀分子標記輔助育種中具有應用前景。中具有應用前景。中具有應用前景。

【技術實現步驟摘要】
與黃顙魚個體生長性狀相關的SNP標記及應用


[0001]本申請涉及黃顙魚生長性狀相關分子標記
，尤其涉及與黃顙魚個體生長性狀相關的SNP標記及應用。

技術介紹

[0002]人工選擇育種常用于選擇具有目標性狀的親本，以產生具有該目標性狀的后代，利用標記輔助選擇(MAS)可極大地提高目標性狀選擇的效率和準確性。近年來，隨著高通量測序技術的進步，測序成本不斷下降，全基因組關聯分析(GWAS)得到了快速的發展，成為解析動物復雜性狀的重要工具。目前，GWAS已在植物和畜禽分子數量遺傳學研究中得到廣泛的應用，其中部分研究成果已應用到MAS育種實踐中。
[0003]性別是生物個體雌雄的差別，是一種特殊的性狀。研究表明性別會對生物性狀的研究結果產生顯著影響，因此在相關研究中需要將動物的性別因素考慮在內，然而大多數研究尤其是魚類研究并沒有考慮其對研究結果的影響。黃顙魚(Pelteobagrus fulvidraco)是我國重要的水產養殖魚類，具有明顯的雌雄生長二態性，雄性的生長速度約為雌魚的2.5～3倍。因此，在解析黃顙魚重要經濟性狀特別是生長性狀的過程中需考慮性別因素對研究的影響。近年來，黃顙魚全基因組序列成功破譯(Gong et al.，2018)，也為黃顙魚重要經濟性狀的遺傳解析奠定了堅實基礎。

技術實現思路

[0004]有鑒于此，本申請的目的在于至少提供一種與兩性生長異形魚類—黃顙魚生長性狀相關的SNP標記，以將其應用于黃顙魚的人工育種中。
[0005]第一方面，本申請實施例公開了與黃顙魚個體生長性狀相關的SNP標記，所述生長性狀包括體長和體重，其中，所述SNP標記位于15號染色體的第19195072個堿基處，突變類型為C/G，命名為Chr15:19195072C>G，其優選基因型是GG。
[0006]第二方面，本申請實施例公開了用于擴增或檢測第一方面所述的SNP標記的引物對，其中所述引物對包括如SEQ ID NO.3～4所示的核苷酸序列。
[0007]第三方面，本申請實施例公開了用于擴增或檢測黃顙魚個體生長性狀的試劑盒，其中所述試劑盒包括第二方面所述的引物對以及與PCR擴增相關的試劑。
[0008]第四方面，本申請實施例公開了一種擴增或檢測黃顙魚SNP Chr15:19195072C>G的方法，其中包括：
[0009]提取黃顙魚個體的基因組DNA；
[0010]以所述基因組DNA為模板進行PCR擴增，所述PCR擴增體系為：2
×
Es Taq Master Mix 5μL、10μM上游引物0.5μL、10μM下游引物0.5μL、模板1μL、補充雙蒸水10μL；
[0011]對所述PCR擴增產物進行Sanger測序，以判斷所述黃顙魚個體Chr15:19195072C>G的基因型。
[0012]第五方面，本申請實施例公開了第一方面所述的SNP標記的篩選方法，包括以下步
驟：
[0013]構建黃顙魚混合家系，采集所述黃顙魚混合家系的生長性狀數據，所述生長性狀數據包括體長數據和體重數據；
[0014]采用黃顙魚性別特異性標記對所述黃顙魚混合家系進行性別鑒定，以獲得黃顙魚雌魚樣本；
[0015]提取黃顙魚雌魚樣本的基因組DNA，構建基因組重測序文庫，對所述基因組重測序文庫進行PE150雙末端測序；
[0016]對測序數據集采用FastQC和trim_galore進行質控和過濾后，采用Bowtie2將過濾后的reads比對到黃顙魚參考基因組上，使用GATK4軟件檢測SNPs并進行過濾；
[0017]使用TASSEL軟件的混合線性模型對生長性狀數據與所述過濾后的SNPs進行關聯分析，以獲得與黃顙魚生長性狀相關的SNP標記。
[0018]在本申請實施例中，所述黃顙魚性別特異性標記為XY1。
[0019]在本申請實施例中，用于擴增所述黃顙魚性別特異性標記的引物序列如SEQ ID NO.1～2所示。
[0020]在本申請實施例中，所述SNP標記的篩選方法還包括：
[0021]從所述黃顙魚混合家系隨機挑取黃顙魚雄性樣本，并提取其基因組DNA；
[0022]使用如SEQ ID NO.3～4所示的引物進行PCR擴增；
[0023]對擴增產物進行測序，以鑒定Chr15:19195072C>G的基因型。
[0024]第六方面，本申請實施例公開了第一方面所述的SNP標記在預測黃顙魚生長性狀或黃顙魚育種中應用。
[0025]與現有技術相比，本申請至少具有以下有益效果之一：
[0026]本申請在解析黃顙魚生長性狀的過程中，考慮到性別因素對研究結果的影響。先從黃顙魚混合家系的125條雌性個體的基因組中篩選到1與黃顙魚雌性個體體長和體重相關的候選SNP；然后對該候選SNP標記進行引物設計，并在185個雄性個體中進行驗證，證實了該SNP標記也適用于雄性黃顙魚個體。同時，在另一個黃顙魚養殖群體中也驗證出SNP Chr15:19195072C>G與生長性狀相關聯，表明該SNP在黃顙魚生長性狀分子標記輔助育種中具有應用前景。
附圖說明
[0027]圖1為本申請實施例提供的黃顙魚雌、雄個體鑒定結果圖。
[0028]圖2為本申請實施例提供的雌性黃顙魚體長性狀GWAS分析中的曼哈頓圖和QQ
?
plot圖。
[0029]圖3為本申請實施例提供的Chr15:19195072C>G不同基因型雌性黃顙魚體長統計結果圖。
[0030]圖4為本申請實施例提供的雌性黃顙魚體重性狀GWAS分析中的曼哈頓圖和QQ
?
plot圖。
[0031]圖5為本申請實施例提供的3號染色體上與雌性黃顙魚體重在染色體水平上相關的SNP(Chr3:32884295)的位置及其上下游0.5Mb內包含的基因結果圖。
[0032]圖6為本申請實施例提供的15號染色體上與雌性黃顙魚體重在染色體水平上相關
的SNP(Chr15:16019035)的位置及其上下游0.5Mb內包含的基因結果圖。
[0033]圖7為本申請實施例提供的Chr15:19195072C>G不同基因型雌性黃顙魚體重統計結果圖。
[0034]圖8為本申請實施例提供的Chr15:19195072C>G標記分型圖。
[0035]圖9為本申請實施例提供的Chr15:19195072C>G不同基因型雄性黃顙魚體長和體重統計結果圖。
[0036]圖10為本申請實施例提供的Chr15:19195072C>G不同基因型在驗證黃顙魚群體中的體長和體重統計結果圖。
具體實施方式
[0037]為了使本申請的目的、技術方案及優點更加清楚明白，以下結合實施例對本申請作進一步詳細說明。應當理解，此處所描本文檔來自技高網...

【技術保護點】

【技術特征摘要】
1.與黃顙魚個體生長性狀相關的SNP標記，所述生長性狀包括體長和體重，其中，所述SNP標記位于15號染色體的第19195072個堿基處，突變類型為C/G，命名為Chr15:19195072C>G，其優選基因型是GG。2.用于擴增或檢測權利要求1所述的SNP標記的引物對，其中所述引物對包括如SEQ ID NO.3～4所示的核苷酸序列。3.用于擴增或檢測黃顙魚個體生長性狀的試劑盒，其中所述試劑盒包括如權利要求2所述的引物對以及與PCR擴增相關的試劑。4.一種擴增或檢測黃顙魚SNP Chr15:19195072C>G的方法，其中包括：提取黃顙魚個體的基因組DNA；以所述基因組DNA為模板進行PCR擴增，所述PCR擴增體系為：2
×
Es Taq Master Mix 5μL、10μM上游引物0.5μL、10μM下游引物0.5μL、模板1μL、補充雙蒸水10μL；對所述PCR擴增產物進行Sanger測序，以判斷所述黃顙魚個體Chr15:19195072C>G的基因型。5.權利要求1或2所述的SNP標記的篩選方法，其中包括以下步驟：構建黃顙魚混合家系，采集所述黃顙魚混合家系的生長性狀數據，所述生長性狀數...

【專利技術屬性】
技術研發人員：梅潔，郭穩杰，熊陽，皇培培，王宇宏，
申請(專利權)人：華中農業大學，
類型：發明
國別省市：