用于金湖烏鳳雞品種鑒定的SNP位點組合、引物組合和方法技術(shù)

本發(fā)明專利技術(shù)公開了一種用于金湖烏鳳雞品種鑒定的SNP位點組合、引物組合和方法，SNP位點組合包括JHWF1位點到JHWF6位點，采用本發(fā)明專利技術(shù)提供的SNP位點組合進(jìn)行金湖烏鳳雞品種鑒定時，只要有一個SNP位點基因型不符合金湖烏鳳雞相應(yīng)的基因型，即可完全排除該個體屬于金湖烏鳳雞；全部6個SNP位點聯(lián)合基因型判定為金湖烏鳳雞的概率為100％。這種方法操作簡便，準(zhǔn)確性高，可以有效打擊市場假冒的金湖烏鳳雞產(chǎn)品。

【技術(shù)實現(xiàn)步驟摘要】

本專利技術(shù)涉及家禽品種鑒定方法，具體地，涉及一種用于金湖烏鳳雞品種鑒定的snp位點組合、引物組合和方法。

技術(shù)介紹

1、金湖烏鳳雞是我國著名的地方烏骨雞品種，具有典型的麻羽、鳳頭、綠耳、桑葚冠、毛腳、裙羽、烏皮、烏肉、烏骨等典型品種特征。金湖烏鳳雞核心產(chǎn)區(qū)為福建省泰寧縣，其肉質(zhì)細(xì)嫩、風(fēng)味鮮美、營養(yǎng)豐富，并具有極高的藥膳價值，深受廣大消費者的喜愛。由于金湖烏鳳雞的藥用價值和經(jīng)濟(jì)價值，市場上出現(xiàn)很多金湖烏鳳雞與國內(nèi)外其他品種亂雜亂配的冒充品種，這些品種體型外貌酷似金湖烏鳳雞，消費者很難辨別，使廣大養(yǎng)殖戶利益受到損害，同時影響了金湖烏鳳雞原種的保種與選育。

2、目前市場上鑒別金湖烏鳳雞真?zhèn)蔚姆椒ㄖ饕揽客庥^觀察，這種觀察主觀性較強(qiáng)，沒有科學(xué)的鑒定標(biāo)準(zhǔn)，尤其在鑒定金湖烏鳳雞與其他品種雞雜種后代時，因其外貌相似，鑒定錯誤率較高。

3、單核苷酸多態(tài)性(singlenucleotidepolymorphism，snp)，具有數(shù)量多、分布廣、多態(tài)性豐富、遺傳穩(wěn)定性高、具有代表性、檢測便捷快速等特點。利用基因組dna中特有的品種差異性較大的snp位點，通過不同位點組合的基因型進(jìn)行品種鑒定，鑒定結(jié)果更加客觀、準(zhǔn)確。鑒于此，利用snp位點組合，開發(fā)一種能有效準(zhǔn)確鑒定金湖烏鳳雞品種的方法，應(yīng)用于金湖烏鳳雞品種鑒定工作具有十分重要的意義。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、針對金湖烏鳳雞品種鑒定難的問題，本專利技術(shù)提供了一種用于金湖烏鳳雞品種鑒定的snp位點組合、引物組合和方法，通過檢測提供的金湖烏鳳雞6個snp位點的基因型來聯(lián)合判斷待測個體是否屬于金湖烏鳳雞。該方法操作簡便，準(zhǔn)確性高，可以準(zhǔn)確鑒定金湖烏鳳雞品種，有效打擊市場上金湖烏鳳雞地方品種的假冒偽劣產(chǎn)品。

2、為了實現(xiàn)上述目的，本專利技術(shù)一方面提供一種用于金湖烏鳳雞品種鑒定的snp位點組合，該snp位點組合包括jhwf1位點到j(luò)hwf6位點：

3、 序號 染色體 位點 snp位點id 參考基因組 突變位點 jhwf1 nc_006089.5 chr2:146907508 rs317270899 t c jhwf2 nc_006091.5 chr4:56917457 rs14475179 t c jhwf3 nc_006090.5 chr3:65633891 rs314164706 g a jhwf4 nc_006091.5 chr4:30288872 rs314936176 a g jhwf5 nc_006092.5 chr5:32192886 rs317317691 c t jhwf6 nc_006094.5 chr7:24390219 rs15866427 t g

4、各snp位點的引物的序列為：

5、

6、所述snp位點的篩選方法為：利用2023年優(yōu)化的55k京芯一號芯片(參考gallus_gallus?6基因組重新設(shè)計，北京康普森生物技術(shù)有限公司)對12個雞種(金湖烏鳳雞，絲羽烏骨雞、烏蒙烏骨雞、興文烏骨雞、竹鄉(xiāng)雞、黔東南小香雞、烏蒙鳳雞等國內(nèi)代表性烏骨雞品種，威寧雞、矮腳雞、高腳雞等非烏骨雞品種，以及國外代表性引進(jìn)用于雜交配套的哈伯德肉雞、來航雞品種)的55000個snp位點進(jìn)行篩選確定，根據(jù)每個品種與其他品種對比，取差異最大的位點的集合，群體間遺傳分化指數(shù)top?5％，最小等位基因頻率>0.4，缺失率<0.2進(jìn)行篩選，確定220個snp位點，優(yōu)先選擇金湖烏鳳雞參考基因組位點等位基因頻率為1或0，然后確定其他11個品種的每個位點的不同等位基因頻率均值，再通過該均值與金湖烏鳳雞每個位點的不同等位基因頻率進(jìn)行比較，篩選等位基因頻率差異較大的snp位點，其他群體該等位基因頻率為接近0或接近1的位點，最終確定用于金湖烏鳳雞品種鑒定的6個snp位點。

7、本專利技術(shù)另一方面提供一種金湖烏鳳雞品種的鑒定方法，該鑒定方法包括如下步驟：

8、(1)提取待測雞基因組總dna；

9、(2)根據(jù)snp位點組合，利用對應(yīng)的引物組合分別進(jìn)行pcr擴(kuò)增；

10、(3)將pcr擴(kuò)增產(chǎn)物測序后、判斷基因型；

11、(4)如果snp位點組合對應(yīng)的基因型有一個不符合金湖烏鳳雞對應(yīng)的基因型，則判定該個體不屬于金湖烏鳳雞；如果6個snp位點組合對應(yīng)的基因型全部符合金湖烏鳳雞的基因型，則判定該個體屬于金湖烏鳳雞，6個snp位點jhwf1～jhwf6的基因型依次為cc、cc、gg、aa、cc、tt。

12、優(yōu)選地，步驟(1)中待測雞的基因組dna由該雞種的個體翅靜脈采血得到。

13、具體地，步驟(2)中，jhwf1～jhwf6的pcr產(chǎn)物長度分別為201bp、249bp、216bp、203bp、227bp、232bp。各對應(yīng)pcr產(chǎn)物信息如下：

14、jhwf1--201bp(snp位點：143bp處t/c)

15、ccagtaatatcgctcctttttcctttaacagagatgagctttcaga?ctgtattgtcaaactgatgaaatgtcattataccatatgaagactgtaca?tcatagttacctt本文檔來自技高網(wǎng)...

【技術(shù)保護(hù)點】

1.一種用于金湖烏鳳雞品種鑒定的SNP位點組合，其特征在于，包括JHWF1位點到JHWF6位點：

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的SNP位點組合，其特征在于，所述SNP位點的篩選方法為：

3.權(quán)利要求1或2所述的SNP位點組合對應(yīng)的引物組合，其特征在于，各SNP位點的引物的核苷酸序列為：

4.金湖烏鳳雞品種的鑒定方法，其特征在于，包括如下步驟：

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的鑒定方法，其特征在于，步驟(1)中待測雞的基因組DNA由該雞種的個體翅靜脈采血得到。

6.根據(jù)權(quán)利要求4所述的鑒定方法，其特征在于，步驟(2)中，JHWF1～JHWF6的PCR產(chǎn)物長度分別為201bp、249bp、216bp、203bp、227bp、232bp。

【技術(shù)特征摘要】

1.一種用于金湖烏鳳雞品種鑒定的snp位點組合，其特征在于，包括jhwf1位點到j(luò)hwf6位點：

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的snp位點組合，其特征在于，所述snp位點的篩選方法為：

3.權(quán)利要求1或2所述的snp位點組合對應(yīng)的引物組合，其特征在于，各snp位點的引物的核苷酸序列為：

4.金湖烏鳳雞品種的鑒定方...

【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：屠云潔，束婧婷，姬改革，單艷菊，章明，巨曉軍，劉一帆，肖芹，盛中偉，張海濤，許盛海，汪澤文，鄒劍敏，趙偉東，鄭國慶，
申請(專利權(quán))人：江蘇省家禽科學(xué)研究所，
類型：發(fā)明
國別省市：