【技術(shù)實(shí)現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術(shù)涉及基因篩選，尤其涉及got1、mt3、setd1b、fh和hras基因的應(yīng)用與篩選阿爾茲海默病有關(guān)基因的方法。
技術(shù)介紹
1、阿爾茨海默病(alzheimer's?disease，ad)作為一種神經(jīng)退行性疾病，通常伴有認(rèn)知功能障礙和記憶障礙，甚至影響語言和運(yùn)動(dòng)能力。目前，ad的診斷主要依賴于示蹤分子的pet和csf蛋白的分析，但由于專門的pet掃描成本高，因此沒有被廣泛使用，而csf蛋白的分析由于侵入性方法(腰椎穿刺)和缺乏涉及液體分析的實(shí)驗(yàn)室設(shè)施，需要很長(zhǎng)時(shí)間才能獲得結(jié)果，從而導(dǎo)致影響ad的治療。因此，為了更早的對(duì)ad患者進(jìn)行診斷和治療，亟需探索能夠在早期診斷ad患者的生物標(biāo)志物。
2、n6-甲基ladenosine(m6a)是哺乳動(dòng)物中最常見的mrna轉(zhuǎn)錄后修飾，發(fā)生在腺嘌呤第6位n原子上，這種動(dòng)態(tài)可逆的表觀遺傳修飾影響著rna分子的命運(yùn)，進(jìn)而調(diào)節(jié)哺乳動(dòng)物的細(xì)胞分化、免疫和代謝等進(jìn)程。m6a能夠通過影響mrna的穩(wěn)定性、剪接、翻譯和定位，在調(diào)節(jié)與各種生物過程相關(guān)的mrna修飾方面發(fā)揮著關(guān)鍵作用。有研究表明，m6a與神經(jīng)退行性疾病有關(guān)，m6a信號(hào)傳導(dǎo)的潛在擾動(dòng)可能導(dǎo)致ad神經(jīng)元功能障礙。
3、鐵死亡(ferroptosis)是一種鐵依賴性的，區(qū)別于細(xì)胞凋亡、壞死和自噬的新型的細(xì)胞程序性死亡方式。新出現(xiàn)的證據(jù)表明，鐵死亡可以在與各種神經(jīng)系統(tǒng)疾病相關(guān)的神經(jīng)元細(xì)胞死亡中被發(fā)現(xiàn)，例如出血性腦卒中、缺血性中風(fēng)、帕金森病和亨廷頓病，有研究發(fā)現(xiàn)，鐵死亡參與了ad的發(fā)生與發(fā)展，例如，過量的鐵積累在不溶性淀粉
4、研究指出，m6a可能是肝纖維化中星狀細(xì)胞鐵死亡的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子，提示在非腫瘤疾病中，m6a可能和鐵死亡基因相互關(guān)聯(lián)作用，從而對(duì)疾病的發(fā)生和發(fā)展起到關(guān)鍵的作用。因此，探索m6a和鐵死亡相關(guān)基因的在ad中的潛在生物標(biāo)志物及其可能的調(diào)控機(jī)制，為ad的早期診斷和藥物治療提供一定的理論依據(jù)。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、本專利技術(shù)的目的在于研制一種got1、mt3、setd1b、fh和hras基因的應(yīng)用與篩選阿爾茲海默病有關(guān)基因的方法。
2、為了實(shí)現(xiàn)上述專利技術(shù)目的，本專利技術(shù)提供以下技術(shù)方案：
3、本專利技術(shù)提供了got1、mt3、setd1b、fh和hras基因中的一種或多種在制備預(yù)防和/或治療阿爾茲海默病的藥物中的應(yīng)用。
4、本專利技術(shù)還提供了got1、mt3、setd1b、fh和hras基因中的一種或多種在構(gòu)建預(yù)測(cè)患阿爾茲海默病的概率的模型中的應(yīng)用。
5、本專利技術(shù)還提供了got1、mt3、setd1b、fh和hras基因中的一種或多種在制備可以預(yù)測(cè)治療阿爾茲海默病的藥物的產(chǎn)品中的應(yīng)用。
6、本專利技術(shù)還提供了一種篩選與阿爾茲海默病有關(guān)的基因的方法，包括如下步驟：
7、(1)將包括正常樣本和阿爾茲海默病樣本的gse5281和gse48350數(shù)據(jù)集合并，作為訓(xùn)練集；
8、(2)提取訓(xùn)練集中與n6-甲基相關(guān)的基因，利用wilcox.test對(duì)獲得的n6-甲基相關(guān)的基因進(jìn)行檢驗(yàn)，并利用false?discovery?rate(fdr)對(duì)pvalue進(jìn)行檢驗(yàn)，篩選閾值fdr<0.05的基因，得到訓(xùn)練集中正常樣本和阿爾茲海默病樣本差異表達(dá)的n6-甲基相關(guān)的基因de-m6a；
9、(3)利用spearman算法，分析步驟(2)得到的de-m6a和鐵死亡相關(guān)基因之間的相關(guān)性，選擇相關(guān)性>0.4且pvalue值<0.05的鐵死亡相關(guān)基因，得到既與n6-甲基相關(guān)又與鐵死亡相關(guān)的基因de-m6a-frg；
10、(4)分別利用svm-rfe和boruta算法篩選de-m6a-frg中的特征基因，取兩種算法下具有交集的特征基因，得到與阿爾茲海默病有關(guān)的基因。
11、優(yōu)選的，步驟(1)所述的gse5281和gse48350數(shù)據(jù)集均來源于geo數(shù)據(jù)庫(kù)。
12、優(yōu)選的，步驟(2)中與n6-甲基相關(guān)的基因包括mettl4、kiaa1429、rbm15、mettl5、mettl14、wtap、mettl3、mettl16、zc3h13、zcchc4、ythdc1、ythdf1、ythdf2、ythdf3、igf2bp1、igf2bp2、igf2bp3、eif3、prrc2a、fmrp、ythdc2、hnrnpg、hnrnpc、hnrnpa2b1、alkbh5、fto和rbm15b。
13、優(yōu)選的，步驟(3)所述鐵死亡相關(guān)基因包括rpl8、atp5mc3、cs、emc2、nox1、cybb、nox3、nox5、duox1、duox2、g6pd、pgd、vdac2、pik3ca、flt3、scp2、tp53、lpcat3、nras、kras、hras、tfr2、got1、cars1、atg7、ncoa4、alox12b、alox15b、aloxe3、phkg2、aco1、slc38a1、gls2、g6pdx、ulk1、atg3、atg4d、atg5、becn1、map1lc3a、gabarapl2、gabarapl1、atg16l1、wipi1、wipi2、snx4、atg13、ulk2、sat1、egfr、mapk3、mapk1、bid、zeb1、keap1、dpp4、alox15、cdkn2a、pebp1、socs1、cdo1、myb、mapk8、mapk9、slc1a5、chac1、mapk14、linc00472、prkaa2、prkaa1、abcc1、mir6852、acvr1b、tgfbr1、bap1、epas1、hilpda、hif1a、alox12、acsl4、hmox1、ifng、ano6、lpin1、hmgb1、tnfaip3、tlr4、nox4、atf3、atm、yy1ap1、egln2、miox、taz、mtdh、idh1、sirt1、fbxw7、panx1、dnajb6、bach1、lonp1、ptgs2、dusp1、nos2、ncf2、mt3、ubc、alb、txnrd1、srxn1、gpx2、bnip3、oxsr1、selenos、angptl7、ddit4、loc284561、asns、tsc22d3、ddit3、jdp2、sesn2、slc1a4、pck2、txnip、vldlr、gpt2、psat1、lurap1l、slc7a5、herpud1、xbp1、cbs、znf419、klhl24、trib3、zfp69b、atp6v1g2、vegfa、gdf15、tube1、arrdc3、cebpg、snora16a、rgs4、bloc1s5-txndc5、loc390705、kim-1、il6、cxcl2、rela、hsd17b11、agpat3、setd1b、ftl、mafg、il33、slc40a1、tf、tfrc、fth1、hamp、steap3、drd4、drd5、map3k5、slc本文檔來自技高網(wǎng)...
【技術(shù)保護(hù)點(diǎn)】
1.GOT1、MT3、SETD1B、FH和HRAS基因中的一種或多種在制備預(yù)防和/或治療阿爾茲海默病的藥物中的應(yīng)用。
2.GOT1、MT3、SETD1B、FH和HRAS基因中的一種或多種在構(gòu)建預(yù)測(cè)患阿爾茲海默病的概率的模型中的應(yīng)用。
3.GOT1、MT3、SETD1B、FH和HRAS基因中的一種或多種在制備可以預(yù)測(cè)治療阿爾茲海默病的藥物的產(chǎn)品中的應(yīng)用。
4.一種篩選與阿爾茲海默病有關(guān)的基因的方法，其特征在于，包括如下步驟：
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，步驟(1)所述的GSE5281和GSE48350數(shù)據(jù)集均來源于GEO數(shù)據(jù)庫(kù)。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其特征在于，步驟(2)中與N6-甲基相關(guān)的基因包括METTL4、KIAA1429、RBM15、METTL5、METTL14、WTAP、METTL3、METTL16、ZC3H13、ZCCHC4、YTHDC1、YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3、IGF2BP1、IGF2BP2、IGF2BP3、eIF3、PRRC2A、FMRP、YTHDC2、HNRNPG
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于，步驟(3)所述鐵死亡相關(guān)基因包括RPL8、ATP5MC3、CS、EMC2、NOX1、CYBB、NOX3、NOX5、DUOX1、DUOX2、G6PD、PGD、VDAC2、PIK3CA、FLT3、SCP2、TP53、LPCAT3、NRAS、KRAS、HRAS、TFR2、GOT1、CARS1、ATG7、NCOA4、ALOX12B、ALOX15B、ALOXE3、PHKG2、ACO1、SLC38A1、GLS2、G6PDX、ULK1、ATG3、ATG4D、ATG5、BECN1、MAP1LC3A、GABARAPL2、GABARAPL1、ATG16L1、WIPI1、WIPI2、SNX4、ATG13、ULK2、SAT1、EGFR、MAPK3、MAPK1、BID、ZEB1、KEAP1、DPP4、ALOX15、CDKN2A、PEBP1、SOCS1、CDO1、MYB、MAPK8、MAPK9、SLC1A5、CHAC1、MAPK14、LINC00472、PRKAA2、PRKAA1、ABCC1、MIR6852、ACVR1B、TGFBR1、BAP1、EPAS1、HILPDA、HIF1A、ALOX12、ACSL4、HMOX1、IFNG、ANO6、LPIN1、HMGB1、TNFAIP3、TLR4、NOX4、ATF3、ATM、YY1AP1、EGLN2、MIOX、TAZ、MTDH、IDH1、SIRT1、FBXW7、PANX1、DNAJB6、BACH1、LONP1、PTGS2、DUSP1、NOS2、NCF2、MT3、UBC、ALB、TXNRD1、SRXN1、GPX2、BNIP3、OXSR1、SELENOS、ANGPTL7、DDIT4、LOC284561、ASNS、TSC22D3、DDIT3、JDP2、SESN2、SLC1A4、PCK2、TXNIP、VLDLR、GPT2、PSAT1、LURAP1L、SLC7A5、HERPUD1、XBP1、CBS、ZNF419、KLHL24、TRIB3、ZFP69B、ATP6V1G2、VEGFA、GDF15、TUBE1、ARRDC3、CEBPG、SNORA16A、RGS4、BLOC1S5-TXNDC5、LOC390705、KIM-1、IL6、CXCL2、RELA、HSD17B11、AGPAT3、SETD1B、FTL、MAFG、IL33、SLC40A1、TF、TFRC、FTH1、HAMP、STEAP3、DRD4、DRD5、MAP3K5、SLC2A1、SLC2A3、SLC2A6、SLC2A8、SLC2A12、GLUT3、SLC2A14、EIF2AK4、EIF2S1、ATF4、ALOX5、ACSF2、IREB2、GPX4、NFE2L2、ELAVL1、SLC3A2、TFAP2C、SP1、HBA1、NNMT、PLIN4、HIC1、STMN1、RRM2、CAPG、HNF4A、NGB、YWHAE、GABPB1、AURKA、MIR4715、RIPK1、PRDX1、MIR30B、SLC7A11、AKR1C1、AKR1C2、AKR1C3、RB1、HSPB1、HSF1、GCLC、SQSTM1、NQO1、MUC1、MT1G、CISD1、FANCD2、FTMT、HELLS、FADS2、SRC、STAT3、PML、MTOR、NFS1、TP63、CDKN1A、MIR137、ENPP2、FH、CISD2、MIR9-1、MIR9-2、MIR9-3、ISCU、ACSL...
【技術(shù)特征摘要】
1.got1、mt3、setd1b、fh和hras基因中的一種或多種在制備預(yù)防和/或治療阿爾茲海默病的藥物中的應(yīng)用。
2.got1、mt3、setd1b、fh和hras基因中的一種或多種在構(gòu)建預(yù)測(cè)患阿爾茲海默病的概率的模型中的應(yīng)用。
3.got1、mt3、setd1b、fh和hras基因中的一種或多種在制備可以預(yù)測(cè)治療阿爾茲海默病的藥物的產(chǎn)品中的應(yīng)用。
4.一種篩選與阿爾茲海默病有關(guān)的基因的方法，其特征在于，包括如下步驟：
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，步驟(1)所述的gse5281和gse48350數(shù)據(jù)集均來源于geo數(shù)據(jù)庫(kù)。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其特征在于，步驟(2)中與n6-甲基相關(guān)的基因包括mettl4、kiaa1429、rbm15、mettl5、mettl14、wtap、mettl3、mettl16、zc3h13、zcchc4、ythdc1、ythdf1、ythdf2、ythdf3、igf2bp1、igf2bp2、igf2bp3、eif3、prrc2a、fmrp、ythdc2、hnrnpg、hnrnpc、hnrnpa2b1、alkbh5、fto和rbm15b。
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于，步驟(3)所述鐵死亡相關(guān)基因包括rpl8、atp5mc3、cs、emc2、nox1、cybb、nox3、nox5、duox1、duox2、g6pd、pgd、vdac2、pik3ca、flt3、scp2、tp53、lpcat3、nras、kras、hras、tfr2、got1、cars1、atg7、ncoa4、alox12b、alox15b、aloxe3、phkg2、aco1、slc38a1、gls2、g6pdx、ulk1、atg3、atg4d、atg5、becn1、map1lc3a、gabarapl2、gabarapl1、atg16l1、wipi1、wipi2、snx4、atg13、ulk2、sat1、egfr、mapk3、mapk1、bid、zeb1、keap1、dpp4、alox15、cdkn2a、pebp1、socs1、cdo1、myb、mapk8、mapk9、slc1a5、chac1、mapk14、linc00472、prkaa2、prkaa1、abcc1、mir6852、acvr1b、tgfbr1、bap1、epas1、hilpda、hif1a、alox12、acsl4、hmox1、ifng、ano6、lpin1、hmgb1、tnfaip3、tlr4、nox4、atf3、atm、yy1ap1、egln2、miox、taz、mtdh、idh1、sirt1、...
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：王洋，孫嘉辰，
申請(qǐng)(專利權(quán))人：齊齊哈爾醫(yī)學(xué)院，
類型：發(fā)明
國(guó)別省市：
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