一組評估乳腺癌風險的突變基因群及其檢測試劑盒制造技術

本發明專利技術公開了一組可用于乳腺癌風險評估的突變基因群及其檢測試劑盒，所述突變基因群是包含以下七條基因的突變基因的集合，所述七條基因是：BRCA1基因、BRCA2基因、TP53基因、MLH1基因、MLH3基因、MSH3基因和CDH1基因，所述七條基因的突變基因中總攜帶25個突變位點，該突變位點如表3所示。本發明專利技術還公開了一種評估乳腺癌風險的突變基因群的檢測試劑盒，所述檢測試劑盒包括：檢測本發明專利技術所述的突變基因群中的突變基因的探針或引物。本發明專利技術提供的評估乳腺癌風險的突變基因群的檢測試劑盒具有檢測效率高，檢測速度快，檢出率高等優點。

【技術實現步驟摘要】
一組評估乳腺癌風險的突變基因群及其檢測試劑盒
本專利技術屬于生物
，具體涉及一組評估乳腺癌風險的突變基因群及其檢測試劑盒。
技術介紹
遺傳性乳腺癌最常見病因是BRCA1和BRCA2基因的突變，目前已證實對突變攜帶者的早期診斷和預防性干預能提高乳腺癌的生存率。但BRCA1/2基因突變只能解釋一小部分遺傳性乳腺癌的病因，其它在乳腺癌的遺傳病因中扮演重要角色的高顯性基因還包括TP53、PTEN和CDH1等，另外還有很多中顯性和低顯性基因也能導致遺傳性乳腺癌。在臨床上，很多以乳腺癌為先證者的腫瘤家系中，往往合并各種不同的惡性腫瘤，而不僅僅是乳腺癌和卵巢癌。同時乳腺癌與很多其它遺傳性腫瘤綜合癥的相關性仍不明確，在很多不以乳腺癌為主要表型的遺傳性腫瘤綜合癥中也經常會出現乳腺癌患者(例如：MMR基因)。因此在傳統的腫瘤遺傳咨詢中，在基因檢測前先根據先證者以及家族史中腫瘤的不同類型和特征來劃分不同的遺傳性腫瘤綜合癥，然后進行相關基因的突變檢測以明確病因。這種方法便于確定高危人群，明確易感基因，提高了檢測效率，但同樣有可能出現遺漏。目前在中國尚沒有成熟的腫瘤遺傳咨詢系統，同時也缺少相關的系統性研究。近年來高通量測序技術的飛速發展使同時對多個特定的基因進行序列測定和突變檢測成為可能，同時其成本與傳統測序技術中單個基因的序列測定相當。然而，如何應用高通量測序技術進行胚系突變的檢測對不同家族史中惡性腫瘤類型做出限定，特別是針對亞洲人群和中國人群中家族型乳腺癌易感基因方面的研究非常有限。
技術實現思路
本專利技術所要解決的技術問題是針對目前評估乳腺癌患病風險的方法較為局限，特別是針對亞洲人群和中國人群中家族型乳腺癌易感基因突變體與乳腺癌患病風險之間關系的研究非常有限的問題，提供了一組評估乳腺癌風險的突變基因群及其檢測試劑盒。為解決上述技術問題，本專利技術采取的技術方案之一為：一組評估乳腺癌風險的突變基因群，所述突變基因群是包含以下七條基因的突變基因的集合，所述七條基因是：BRCA1基因、BRCA2基因、TP53基因、MLH1基因、MLH3基因、MSH3基因和CDH1基因。本專利技術所述突變基因群是由攜帶突變位點的基因組成。其中所述突變位點為本領域常規的突變位點，較佳地包括indel突變位點(插入或缺失引起的序列改變insertionordeletion，indel)、無義突變位點、拼接區突變位點或錯義突變位點，更佳地本專利技術所述七條基因的突變基因中總攜帶25個突變位點，該突變位點如表3所示。上述突變位點可以用本領域常規的測序方法檢測，所述測序方法較佳地為一代測序方法或二代測序方法，優選地為二代測序方法。為解決上述技術問題，本專利技術采取的技術方案之二為：一組評估乳腺癌風險的突變基因群，所述突變基因群是包含以下二十二條基因的突變基因的集合，所述二十二條基因是：BRCA1基因、BRCA2基因、TP53基因、MLH1基因、MLH3基因、MSH3基因、CDH1基因、PALB2基因、FANCD2基因、FANCI基因、SLX4基因、RAD51C基因、RAD50基因、CDKN2A基因、CYP17A1基因、RGSL1基因、FGFR3基因、WRN基因、UGT1A4基因、TNFRSF13B基因、MUTYH基因和SPINK1基因。較佳地，所述二十二條基因的突變基因中總攜帶41個突變位點，該突變位點如表4所示。為解決上述技術問題，本專利技術采取的技術方案之三為：一種乳腺癌突變基因，所述乳腺癌突變基因的核苷酸序列是表5所示的22個攜帶突變位點的基因中的任意一個。本專利技術所述乳腺癌突變基因是指攜帶有突變位點的基因，所述攜帶突變位點的突變基因如表5所示。為解決上述技術問題，本專利技術采取的技術方案之四為：一種評估乳腺癌風險的突變基因群的檢測試劑盒，所述檢測試劑盒包括：檢測如本專利技術所述的突變基因群中的突變基因的探針以及用于二代測序的試劑。本專利技術提供一組檢測本專利技術所述突變基因群的探針，所述探針是包含能夠與本專利技術所述突變基因群中的全部突變基因發生雜交反應的探針的集合。利用本專利技術提供的探針，結合二代測序技術，能夠檢測本專利技術所述突變基因群中的全部突變基因。本專利技術所述的探針為本領域常規的探針，所述探針較佳地為帶有示蹤物(或標記物)的寡聚核苷酸片段，只要該探針能與本專利技術所述的突變基因群中的突變基因雜交即可。本專利技術所述探針的制備方法為本領域常規制備方法，所述探針的制備方法較佳地包括：采用DNA合成儀人工合成，合成后經聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)或其他適宜方法純化即得。本專利技術所述探針的設計方法優選地為：選取待測基因的外顯子編碼區以及側翼的部分內含子區域，利用AgilentSureselectXTCustomKit(700Kb-34Mb)設計探針。其中所述用于二代測序的試劑為本領域常規使用的試劑，只要能夠滿足對所得序列進行二代測序的要求即可。所述試劑制備方法為本領域常規制備方法，較佳地為市售可得。本專利技術所述的檢測試劑盒更佳地還包括將從檢測對象中提取的基因組DNA制成可供測序使用的文庫的試劑。為解決上述技術問題，本專利技術采取的技術方案之五為：一種評估乳腺癌風險的檢測試劑盒，所述檢測試劑盒包括：擴增本專利技術所述的突變基因群中突變基因的引物，所述引物的核苷酸序列如序列表中SEQIDNO:1～SEQIDNO:96所示。為解決上述技術問題，本專利技術采取的技術方案之六為：一種評估乳腺癌風險的檢測試劑盒，所述檢測試劑盒包括：擴增本專利技術所述的突變基因群中突變基因的引物，所述引物的核苷酸序列如序列表中SEQIDNO:1～SEQIDNO:152所示。本專利技術提供一組檢測本專利技術所述突變基因群的引物，所述引物是能夠擴增出本專利技術所述突變基因群中的全部突變基因的引物的集合。利用本專利技術提供的引物，結合一代測序技術，能夠檢測本專利技術所述的突變基因群中的全部基因突變。本專利技術所述引物只要能與本專利技術所述突變基因群中的突變基因部分序列互補，并擴增出本專利技術所述突變基因群中的突變基因即可，本專利技術所述引物的序列較佳地為：如序列表中SEQIDNO:1～SEQIDNO:152所示。本專利技術所述引物的制備方法為本領域常規的制備方法，較佳地為人工合成全序列。本專利技術所述檢測試劑盒較佳地還包括：dNTP溶液，DNA聚合酶，用于核酸分離或純化的試劑，陽性對照或陰性對照。本專利技術所述的用于核酸分離或純化的試劑更佳地為抽提所述檢測對象中的基因組DNA的試劑，所述試劑較佳地包括：蛋白酶、飽和酚、氯仿：異戊醇(24：1)、醋酸鈉、無水乙醇、70％乙醇、TE溶液等，優選地利用Qiagen公司生產的DNA抽提試劑盒來提取血漿中的DNA以及其它任何可以用于進行DNA提取的試劑或容器。本專利技術所述的陽性對照為本領域常規的陽性對照，較佳地為包含本專利技術所述突變基因群中突變基因序列的基因組DNA儲備液或包含相應突變基因群中突變基因序列的質粒作為陽性對照。本專利技術所述的陰性對照為本領域常規的陰性對照，較佳地為源于健康人經確認不包含突變基因序列的野生型基因組DNA序列儲存液。本專利技術所述的檢測試劑盒，更佳地還包括從檢測對象或腫瘤患者體內提取組織或血液的器械，所述器械較佳地包括：任何能用于取血的釆血針、注射器等。本專利技術所述的檢測樣本較佳地為來自檢測對象的組織，只要能從檢測樣本中抽提檢測對象的基因本文檔來自技高網...

【技術保護點】
一組評估乳腺癌風險的突變基因群，其特征在于，所述突變基因群是包含以下七條基因的突變基因的集合，所述七條基因是：BRCA1基因、BRCA2基因、TP53基因、MLH1基因、MLH3基因、MSH3基因和CDH1基因。

【技術特征摘要】
1.一組評估乳腺癌風險的突變基因群，其特征在于，所述突變基因群是包含以下二十二條基因的突變基因的集合，所述二十二條基因是：BRCA1基因、BRCA2基因、TP53基因、MLH1基因、MLH3基因、MSH3基因、CDH1基因、PALB2基因、FANCD2基因、FANCI基因、SLX4基因、RAD51C基因、RAD50基因、CDKN2A基因、CYP17A1基因、RGSL1基因、FGFR3基因、WRN基因、UGT1A4基因、TNFRSF13B基因、MUTYH基因和SPINK1基因，所述二十二條基因的突變基因中總攜帶41個突變位點，該突變位點...

【專利技術屬性】
技術研發人員：胡震，楊曉晨，吳炅，邵志敏，
申請(專利權)人：復旦大學附屬腫瘤醫院，
類型：發明
國別省市：上海;31