本發明專利技術公開了一種利用PRSS2基因標記檢測牛胴體肉質性狀的方法，其方法為：第一步：DNA的提取；第二步：擴增牛PRSS2基因片段；第三步：找到多態性的位點；第四步：對單個樣品進行測序；第五步：對篩查獲得的SNPs進行連鎖分析及單倍型分析。有益效果：本發明專利技術利用PRSS2基因的單核苷酸多態性及突變型來作為檢測肉牛胴體及肉質性狀遺傳標記的方法，為遺傳工作者早期選育優質牛群及改善肉品質奠定基礎。
【技術實現步驟摘要】
本專利技術涉及一種檢測牛胴體肉質性狀的方法，特別涉及一種利用PRSS2基因標記檢測牛胴體肉質性狀的方法。
技術介紹
當前，SNP技術作為當前應用最廣泛的遺傳標記技術，在動物遺傳育種研究方面發揮著重要作用。SNPs的主要檢測方法主要有DNA直接測序以及限制性片段長度多態性聚合酶鏈式反應(RFLP-PCR)等。針對此兩種方法，DNA直接測序檢測SNPs的方法更為簡單、準確，適用于大群體動物樣本的檢測。中國西門塔爾牛是我國引進后不斷改良培育的大型乳肉兼用品種，具有其獨特的生產性能和良好的肉用性狀，表現出了巨大的優勢和發展潛力。隨著人類生活水平的不斷提高，對高檔優質牛肉的要求也越來越高。為提高牛肉品質，從基因角度，利用分子的遺傳標記作為研究牛肉品質性狀的主要手段，進一步提高牛群的選育。PRSS2(protease,serine,2)基因是屬于胰蛋白酶家族的絲氨酸蛋白酶，編碼陰離子胰蛋白酶原，一部分的胰蛋白酶基因位于T細胞受體β鏈上，這種蛋白是在胰液中發現的，基因上調是胰腺炎的典型特征。該基因在生物有機體中發揮著重要的作用。有研究發現，PRSS2可以激活尿激酶原促進卵巢腫瘤的生長發育，這也暗示了PRSS2可以促進腫瘤細胞的侵襲和轉移。最新研究發現，絲氨酸蛋白酶能夠消化類風濕性關節滑膜組織中的Ⅱ型三螺旋膠原蛋白，可能促進軟骨基質中Ⅱ型膠原蛋白降解。進而，研究PRSS2基因功能與調控作用機制是具有重要意義的。同時，根據本課題組前期的轉錄組學研究結果，PRSS2基因可能與牛的肉質及胴體性狀有關。動物的脂肪過度沉積會嚴重影響肉品質和人類自身健康。因此，進一步研究PRSS2基因是否對牛的脂代謝有影響是非常重要的。目前對PRSS2基因的研究大多數表現在疾病和免疫方面，對以牛為對象的相關研究還相對較少，對于PRSS2基因與中國西門塔爾牛相關性性狀的研究目前還鮮有報道。肉牛胴體及肉質的相關性狀是作為肉品質分析的重要指標，是衡量肉質好壞的重要標準。本專利技術利用PRSS2基因標記來作為檢測肉牛胴體及肉質性狀的方法，為遺傳工作者的早期選育及改善肉品質奠定基礎。
技術實現思路
本專利技術的目的是為了利用PRSS2基因與中國西門塔爾牛相關性狀的研究問題而提供的一種利用PRSS2基因標記檢測牛胴體和肉質性狀的方法。本專利技術提供的利用PRSS2基因標記檢測牛胴體肉質性狀的方法，其方法如下所述：第一步：采取牛的血液進行全基因組DNA的提取，利用瓊脂糖凝膠電泳檢查DNA的質量；第二步：以牛全基因組DNA為模板，以引物A為引物進行PCR，擴增牛PRSS2基因片段；引物A為F：5‘CCACTCTGGGGCTCTCTTTA3’；R：5‘GATCTTGTCATCGTCGTCCG3’；第三步：用全基因組DNA進行混池PCR，找到多態性的位點，PCR的反應程序為：95℃預變性5min；95℃變性30s，61℃退火30s，72℃延伸60s，35個循環；延伸72℃6min，最后16℃保存；第四步：找到多態性位點后，對單個樣品進行測序，根據測序結果進行多態性關聯分析：根據PRSS2引物對A的PCR測序結果，找到5個SNP位點分別是PRSS2基因第1內含子SNP1，即：I1-521G>A突變位點，PRSS2基因第1內含子SNP2，即：I1-611C>G突變位點，PRSS2基因第1內含子SNP3，即：I1-668G>A突變位點，PRSS2基因第1內含子SNP4，即：I1-710G>A突變位點，PRSS2基因第1內含子SNP5，即：I1-819A>G突變位點。第五步：對篩查獲得的SNPs進行連鎖分析及單倍型分析，發現SNP4，即I1-710G>A處與SNP5，即I1-819A>G處兩個多態性位點間強連鎖，即D’＝0.979，r2＝0.886，同時形成了3種單倍型，分別為GA0.659、AG0.315、GG0.022。本專利技術的有益效果：本專利技術通過對部分牛的全基因組DNA進行PCR混池擴增，并通過直接測序的方法檢測SNPs，發現了5個SNP位點。同時對牛群體的SNPs進行了基因分型和基因頻率分析以及與牛胴體和肉質性狀的關聯分析。提供了一種能夠在DNA水平上篩查和檢測與牛胴體及肉質性狀密切相關基因的分子標記，應用于牛的分子育種及早期選育。同時，本專利技術也發現，這些SNP位點間也存在著高度的連鎖性。本專利技術利用PRSS2基因的單核苷酸多態性及突變型來作為檢測肉牛胴體及肉質性狀遺傳標記的方法，為遺傳工作者早期選育優質牛群及改善肉品質奠定基礎。附圖說明圖1為本專利技術實施例中的中國西門塔爾牛PRSS2基因引物對A的PCR產物1.2％的瓊脂糖凝膠電泳圖。圖2為GG型PRSS2基因第1含子SNP1(I1-521G>A)突變位點測序檢測圖。圖3為GA型PRSS2基因第1內含子SNP1(I1-521G>A)突變位點測序檢測圖。圖4為CC型PRSS2基因第1內含子SNP2(I1-611C>G)突變位點測序檢測圖。圖5為CG型PRSS2基因第1內含子SNP2(I1-611C>G)突變位點測序檢測圖。圖6為GG型PRSS2基因第1內含子SNP2(I1-611C>G)突變位點測序檢測圖。圖7為GG型PRSS2基因第1內含子SNP3(I1-668G>A)突變位點測序檢測圖。圖8為GA型PRSS2基因第1內含子SNP3(I1-668G>A)突變位點測序檢測圖。圖9為AA型PRSS2基因第1內含子SNP3(I1-668G>A)突變位點測序檢測圖。圖10為AA型PRSS2基因第1內含子SNP4(I1-710G>A)突變位點測序檢測圖。圖11為GG型PRSS2基因第1內含子SNP4(I1-710G>A)突變位點測序檢測圖。圖12為GA型PRSS2基因第1內含子SNP4(I1-710G>A)突變位點測序檢測圖。圖13為AA型PRSS2基因第1內含子SNP5(I1-819A>G)突變位點測序檢測圖。圖14為GG型PRSS2基因第1內含子SNP5(I1-819A>G)突變位點測序檢測圖。圖15為GA型PRSS2基因第1內含子SNP5(I1-819A>G)突變位點測序檢測圖。圖16為PRSS2基因的5個SNP位點之間的強連鎖效應圖。具體實施方式試驗材料與方法試驗材料1.1試驗動物以中國西門塔爾牛群體為檢測對象，選用內蒙古烏拉蓋地區某大型牛場牛群，采用靜脈采血的方式進行樣本的采集。1.2試驗試劑瓊脂糖(BIOWEST)；PCR引物于北京金唯智生物公司合成；基因組血液提取試劑盒、2×TaqPCRMastermix、DNAMarker2000購自TIANGEN公司。1.3DNA分析軟件:PCR引物設計軟件：PrimerPremier5；數據分析軟件：IBMSPSSstatistics19；連鎖分析軟件：HaploView2.試驗方法本試驗采用的TIANGEN公司血液基因組DNA提取試劑盒對中國西門塔爾牛的血液進行的全基因組DNA提取，并進行編號處理。設計引物，以所提取的DNA為模板進行PCR擴增，測序發現SNP位點后，對單個樣品的PCR產物進行測序。根據其測序結果進行連鎖反應及關聯分析。下面是對本專利技術做本文檔來自技高網...
【技術保護點】
一種利用PRSS2基因標記檢測牛胴體肉質性狀的方法，其特征在于：第一步:采取牛的血液進行全基因組DNA的提取，利用瓊脂糖凝膠電泳檢查DNA的質量；第二步：以牛全基因組DNA為模板，以引物A為引物進行PCR擴增牛PRSS2基因片段；引物A為F：5‘CCACTCTGGGGCTCTCTTTA?3’；R：5‘GATCTTGTCATCGTCGTCCG?3’；第三步：用全基因組DNA進行混池PCR，找到多態性的位點。PCR的反應程序為：95℃預變性5min；95℃變性30s，61℃退火30s，72℃延伸60s，35個循環；延伸72℃6min，最后16℃保存；第四步：對單個樣品進行測序，根據測序結果進行多態性關聯分析：根據PRSS2引物對A的PCR測序結果，找到5個SNP位點分別是PRSS2基因第1內含子SNP?1，即：I1?521G>A突變位點，PRSS2基因第1內含子SNP?2，即：I1?611C>G突變位點，PRSS2基因第1內含子SNP?3，即：I1?668G>A突變位點，PRSS2基因第1內含子SNP?4，即：I1?710G>A突變位點，PRSS2基因第1內含子SNP?5，即：I1?819A>G突變位點；第五步：對篩查獲得的SNPs進行連鎖分析及單倍型分析，發現SNP?4，即I1?710G>A處與SNP?5，即I1?819A>G處兩個多態性位點間強連鎖，即D’＝0.979，r2＝0.886，同時形成了3種單倍型，分別為GA?0.659、AG?0.315、GG?0.022。...
【技術特征摘要】
1.一種利用PRSS2基因標記檢測牛胴體肉質性狀的方法，其特征在于：第一步:采取牛的血液進行全基因組DNA的提取，利用瓊脂糖凝膠電泳檢查DNA的質量；第二步：以牛全基因組DNA為模板，以引物A為引物進行PCR擴增牛PRSS2基因片段；引物A為F：5‘CCACTCTGGGGCTCTCTTTA3’；R：5‘GATCTTGTCATCGTCGTCCG3’；第三步：用全基因組DNA進行混池PCR，找到多態性的位點。PCR的反應程序為：95℃預變性5min；95℃變性30s，61℃退火30s，72℃延伸60s，35個循環；延伸72℃6min，最后16℃保存；第四步：對單個樣品進行測序，根據測序結果進行多態性關聯分析：根據PRSS2引物對A的PCR測序結果，找...
【專利技術屬性】
技術研發人員：姜平，趙志輝，楊潤軍，蘆春艷，
申請(專利權)人：吉林大學，
類型：發明
國別省市：吉林;22
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