本發明專利技術公開了一種針對微量、降解檢材的STR試劑盒及其應用，所述試劑盒包括17對STR基因座的特異性擴增引物，共分為5組，涉及6中顏色的熒光標記。本發明專利技術針對微量、降解等疑難檢材的檢測，具有快速、靈敏度高和抗抑制能力強的優點；本發明專利技術建立的17個基因座的迷你型擴增體系，擴增片段短，適用于微量、高度降解或抑制劑含量高的疑難樣本，在實際應用中可成功獲得白骨化尸骨、接觸性脫落細胞、土壤中的血液樣本等特殊生物檢材的STR分型；本發明專利技術所述的體系中引入DYS391基因座，能夠對性別基因Amelogenin起到輔助判定的作用；本發明專利技術所述試劑盒能夠快速檢出，整個PCR過程不超過50分鐘。
【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于分子生物學領域，涉及分子遺傳學，具體涉及一種針對微量、降解檢材的STR試劑盒及其應用。
技術介紹
短串聯重復序列基因座(STR)是目前普遍應用的遺傳標記。90年代初STR基因座多態性的發現，特別是STR基因座具有片段小容易擴增，適宜于檢驗微量和降解檢材，而且各基因座的擴增條件相似而能夠復合擴增，因而具有靈敏、準確、快速、信息量大等優點。尤其是在建立DNA數據庫方面，STR復合擴增技術具有極大的優越性。因此美國FBI選擇了13個STR基因座用于建立DNA數據庫—CODIS(CombinedDNAIndexSystem):CSF1PO、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11、FGA、TH01、TPOX、vWA。這些STR基因座聯用具有較高的個體識別率，通常被稱為13個核心基因座。正因為STR所具備的優點和應用前景，法醫學界以及一些大的公司均投入大量的資金對其進行了開發性的研究。90年代中后期以美國AB公司為代表的研發商建立起熒光復合擴增體系。經歷多年的發展已經升級到六色熒光系統，法醫常用試劑盒從最初的ABI(AppliedBiosystems，USA)Identifiler，Promega(USA)的PowerPlex16到現在ABI的包含24個STR基因座的AmpFeSTRglobalfiler和Promega包含27個STR的PowerPlexfusion。國內廠家包括中德美聯的17+1，EX20，基點認知的20A、25A，海爾施的STRtyper21G、STRtyper26G和物證鑒定中心的mini和Typer15等。自90年代中期公安部提出“統一規劃、統一標準、分步實施、滾動發展”的DNA數據庫建設原則開始，我國的DNA數據庫已有15年的歷史。10余年來，DNA數據庫集聚了3000萬以上STR數據，在超過100萬起的案件中發揮了作用，已經初步實現了跨時空多化應用的建設目標，在精準打擊犯罪中發揮了具大的作用。然而，在實際檢測過程中，由于樣本的多樣性和其他各種條件的限制，出現了數量較多的疑難檢材，即無法獲得分型結果的樣本。這些疑難樣本主要為以下幾類：1)高度降解檢材。法醫物證是人體各種體液與組織，具有容易變性、變質、降解和腐敗的特點。不同檢材所受環境因素的影響千差萬別，尤其是來源自犯罪現場的檢材，自身的變性、降解和腐敗等改變的程度是不能人為控制的，也是無法預知。STR基因座片段小，相對于其他方法來說，對降解檢材的適應性更好，但高度降解檢材，用常規STR試劑盒無法取得完整分型結果。2)微量檢材?，F場檢材多為微量，珍貴，樣本中DNA含量非常少，通常只有幾個細胞的DNA含量，無法達到常規STR試劑盒的最低檢出限，導致無擴增結果或只有部分擴增結果。3)含高濃度抑制劑的檢材?，F場檢材來源廣泛，可能存在的抑制成分多樣，對試劑盒的抗抑制能力有較高要求。一些樣本的來源特殊如土壤中的血跡等，即使經過DNA提取的步驟，仍有大量的PCR抑制劑如血紅素、腐殖酸等的存在，破壞PCR的擴增過程，導致無法獲得完整的分型結果。Chelex等粗提DNA的提取方法也會殘留較多的抑制劑成分。我國在DNA數據庫建設初期，使用STR試劑盒是被國外產品，主要是ABI公司壟斷的，隨著中德美聯17+1、EX20；基點認知的20A；二所的typer15的研發生產，才逐步打破國外壟斷，目前在DNA數據庫建設中，國產試劑盒占有率超過50％。但由于案件現場樣本的復雜性和對STR試劑盒要求高，暫時使用均為國外廠商試劑盒，主流是ABI2010年根據IdentifilerTM優化推出的IdentifilerTMplus。
技術實現思路
解決的技術問題：為了克服現有技術的缺陷，開發一種針對來源于犯罪現場的微量、降解等疑難檢材的STR試劑盒，且同時具有快速、高靈敏度和強抗抑制能力的優點，本專利技術提供了一種針對微量、降解檢材的STR試劑盒及其應用。技術方案：一種針對微量、降解檢材的STR試劑盒，所述試劑盒包括17對STR基因座的特異性擴增引物，其中STR基因座為：D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、TPOX、TH01、D18S51、D2S1338、vWA、D21S11、DYS391、D8S1179、D5S818、CSF1PO、D19S433、FGA及Amelogenin。優選的，所述17對STR基因座的特異性擴增引物的序列如下：D3S1358、SEQIDNO.1～2；D13S317、SEQIDNO.3～4；D7S820、SEQIDNO.5～6；D17S539、SEQIDNO.7～8；TPOX、SEQIDNO.9～10；TH01、SEQIDNO.11～12；D18S51、SEQIDNO.13～14；D2S1338、SEQIDNO.15～17；vWA、SEQIDNO.17～18；D21S11、SEQIDNO.19～20；DYS391、SEQIDNO.21～22；D8S1179、SEQIDNO.23～24；D5S818、SEQIDNO.25～26；CSF1PO、SEQIDNO.27～28；D19S433、SEQIDNO.29～30；FGA、SEQIDNO.31～32；Amelogenin、SEQIDNO.33～34。優選的，所述引物的濃度如下：D3S1358、0.6μM；D13S317、0.45μM；D7S820、0.5μM；D16S539、0.6μM；TPOX、0.8μM；TH01、0.55μM；D18S51、0.9μM；D2S1338、1.0μM；vWA、0.6μM；D21S11、0.86μM；DYS391、0.7μM；D8S1179、0.95μM；D5S818、0.75μM；CSF1PO、0.65μM；D19S433、0.8μM；FGA、1μM；Amelogenin、0.65μM。所述試劑盒中的引物及其序列和在擴增體系中的濃度如下表所示：優選的，所述引物的PCR產物均小于300bp。優選的，所述引物分為五組：第一組，D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539；第二組，Amelogenin、TPOX、TH01、D18S51；第三組，D2S1338、vWA、D21S11；第四組，DYS391、D8S1179、D5S818、CSF1PO；第五組，D19S433、FGA；每對引物中至少一條采用熒光染料標記其5’端。優選的，所述熒光染料為6-FAM、HEX、VIG550、VIG590、VIG620中任意一種，且每組采用的熒光標記不同；其中6-FAM為藍色熒光，HEX為綠色熒光，VIG550為黃色熒光，VIG590為紅色熒光，VIG620為紫色熒光。優選的，所述試劑盒中含有分子內標，且分子內標由橙色熒光SIZ標記。優選的，所述試劑盒的組分如下：ReactionMix，2mL；基因組DNA，10ng；引物混合物，1mL；5U/μL的熱啟動Taq酶，100μL；sdH2O，1.95mL；其中，所述的ReactionMix成分為：MgCl27.5mM，pH8.3Tris-HCl125mM,KCl125mM,dNTPs7.5mM,BSA2mg\本文檔來自技高網...
【技術保護點】
一種針對微量、降解檢材的STR試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括17對STR基因座的特異性擴增引物，其中STR基因座為：D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、TPOX、TH01、D18S51、D2S1338、vWA、D21S11、DYS391、D8S1179、D5S818、CSF1PO、D19S433、FGA及Amelogenin。
【技術特征摘要】
1.一種針對微量、降解檢材的STR試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括17對STR基因座的特異性擴增引物，其中STR基因座為：D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、TPOX、TH01、D18S51、D2S1338、vWA、D21S11、DYS391、D8S1179、D5S818、CSF1PO、D19S433、FGA及Amelogenin。2.根據權利要求1所述的一種針對微量、降解檢材的STR試劑盒，其特征在于，所述17對STR基因座的特異性擴增引物的序列如下：D3S1358、SEQIDNO.1～2；D13S317、SEQIDNO.3～4；D7S820、SEQIDNO.5～6；D17S539、SEQIDNO.7～8；TPOX、SEQIDNO.9～10；TH01、SEQIDNO.11～12；D18S51、SEQIDNO.13～14；D2S1338、SEQIDNO.15～17；vWA、SEQIDNO.17～18；D21S11、SEQIDNO.19～20；DYS391、SEQIDNO.21～22；D8S1179、SEQIDNO.23～24；D5S818、SEQIDNO.25～26；CSF1PO、SEQIDNO.27～28；D19S433、SEQIDNO.29～30；FGA、SEQIDNO.31～32；Amelogenin、SEQIDNO.33～34。3.根據權利要求1所述的一種針對微量、降解檢材的STR試劑盒，其特征在于，所述引物的濃度如下：D3S1358、0.6μM；D13S317、0.45μM；D7S820、0.5μM；D16S539、0.6μM；TPOX、0.8μM；TH01、0.55μM；D18S51、0.9μM；D2S1338、1.0μM；vWA、0.6μM；D21S11、0.86μM；DYS391、0.7μM；D8S1179、0.95μM；D5S818、0.75μM；CSF1PO、0.65μM；D19S433、0....
【專利技術屬性】
技術研發人員：周如華，石云杰，張健，王鑫，孫元鵬，陳林麗，張雷，王艷芳，郭育林，周翔，鄭衛國，
申請(專利權)人：無錫中德美聯生物技術有限公司，蘇州市公安局，
類型：發明
國別省市：江蘇;32
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