【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于辣椒育種和分子生物學領域，更具體地涉及一種辣椒果形基因 cafs1，及與該基因緊密相關的snp分子標記及引物?(kasp)，同時還涉及它們在預測辣椒果形變化及分子輔助育種中的應用。
技術介紹
1、辣椒( capsicum?annuum?l.)為茄科辣椒屬，是中國最重要的蔬菜作物之一。果實是辣椒最主要的經濟產出品。果實形狀是作物栽培馴化選擇過程中最主要的選擇性狀之一，辣椒野生種果實極小，但在馴化和改良過程中現代栽培辣椒的果實逐漸變大，且演變出豐富多樣的形狀。對于以鮮果為食用器官的辣椒等蔬菜作物，果實形狀更是重要的商品性狀，因為果實的形狀和大小不僅影響農作物的產量和質量，還影響著消費者的消費偏好、包裝需求和市場價值。目前果實形狀仍是中國育種家在辣椒育種方案上非常關注的重要性狀。
2、辣椒果形性狀由數量性狀位點（quantitative?trait?locus，qtl）調控，是分子標記輔助育種（mas）的主要靶標。雖然辣椒存在基因組大、遺傳連鎖圖譜分子標記飽和度低，qtl基因挖掘費時費力問題，但辣椒基因組信息的完善及分子標記技術的發展極大地促進了qtl克隆及功能分析。研究者通過自然群體或雜交群體已經鑒定到許多辣椒果實相關qtls?位點。比如，鑒定到16個?snp?位點與果重關聯，其中7個snp位于已知果重基因上，如 stylosa、 fasciated、
3、因此，探究辣椒重要農藝性狀如果形的關鍵基因或qtl功能，并開發果形相關的分子標記，對于辣椒分子育種技術體系的建立有著重要的推動意義。
技術實現思路
1、本專利技術所要解決的技術問題是，克服以上
技術介紹
中提到的不足和缺陷，提供一種與辣椒果形基因
cafs1連鎖的snp分子標記（kasp標記）。為辣椒果實果形的篩選，鑒定和輔助篩選辣椒長圓果實，以及辣椒果實果形的育種等提供新的途徑。
2、為解決上述技術問題，本專利技術提出的技術方案為：
3、第一方面，本專利技術提供一種與辣椒果實果形基因 cafs1連鎖的kasp分子標記，以辣椒zunla-1的基因為參考基因，在為辣椒10號染色體上第14853470個堿基處的單核苷酸多態性，此處發生了堿基c到t的替換。
4、上述的與辣椒果實果形基因 cafs1連鎖的kasp分子標記，優選的，其核苷酸序列如seq?id?no：2所示。
5、第二方面，本專利技術提供一種鑒定所述kasp分子標記的引物，包括：
6、正向引物1：gaaggtgaccaagttcatgcttgttttaacagaaactggtgttttc；
7、正向引物2：gaaggtcggagtcaacggatttgttttaacagaaactggtgttttt；
8、反向引物：aaaaagtgctaacaggacatcacg。
9、兩個正向引物分別連接不同的熒光接頭序列，正向引物1中與fam熒光匹配的接頭序列為?gaaggtgaccaagttcatgct，正向引物2中與?hex熒光匹配的接頭序列為gaaggtcggagtcaacggatt。
10、第三方面，本專利技術提供一種所述kasp分子標記的篩選方法，包括以下步驟：
11、（1）對辣椒材料進行的重測序，根據重測序結果對辣椒果形性狀行進行了全基因組關聯分析，在此基礎上利用辣椒長果的高代自交系為父本，辣椒圓果的高代自交系為母本，雜交構建f2群體；
12、（2）對所述f2群體進行果形表型鑒定，采用混池分離分析群體定位法分別獲得長果混池和圓果混池，并進行rna-seq測序，對測序結果進行生物信息學分析后獲得與辣椒果實果形連鎖的染色體候選區域；
13、（3）對所述染色體候選區域中的單堿基的替換/插入/缺失開發分子標記技術縮小候選區間，最終獲得與果形基因 cafs1緊密連鎖的kasp分子標記。
14、第四方面，本專利技術提供一種所述kasp分子標記或所述的引物在鑒定辣椒長果和圓果類型或分子輔助育種中的應用。有利于辣椒果實果形基因的快速鑒定和選育，且為克隆控制果形的主效基因，為研究果實果形變化的調控機制奠定基礎。
15、上述的應用，優選的，其應用的方法如下：
16、s1：提取辣椒待測樣品dna作為模板；
17、s2：加入所述的引物進行pcr擴增；
18、s3：利用kasp試劑進行分型，讀取分型結果，藍色為圓果顯性fam，綠色為長果隱性hex，紅色為中間型果實雜合heterozygote。
19、優選的，使用定量?pcr?設備進行parms?pcr擴增；熒光基團和對應熒光淬滅基團距離較近時，熒光基團發出的熒光，會被淬滅基團吸收，發射出更長波長的熒光，或者放出熱量。此時在此熒光對應的波長內檢測不到該基團熒光信號。一旦二者分離，則熒光信號可被檢測到。parms?采用了fret?原理來檢測?fam?以及?hex?熒光引物的擴增信號，對應的等位基因發生擴增時，將出現對應的熒光信號。
20、優選的，pcr?擴增程序為：preincubation?94℃?900s;?94℃?20s，78℃?10s，td62℃，0?cyc-＞57?(-0℃)，10個循環；94℃?20s，57℃?60s，35個循環；cooling?37℃?30s。
21、第五方面，本專利技術提供一種辣椒果實果形基因 cafs1，其編碼區的cds核苷酸序列如seq?id?no：1所示。
22、第六方面，本專利技術提供一種辣椒果實果形基因 cafs1在調控辣椒或番茄果形中的應用。
23、上述的應用，優選的本文檔來自技高網...
【技術保護點】
1.?一種辣椒果實果形基因CaFS1在調控辣椒或番茄果形中的應用，其特征在于，所述基因CaFS1編碼區的CDS核苷酸序列如SEQ?ID?NO：1所示。
2.根據權利要求1所述的應用，其特征在于，在辣椒中沉默CaFS1基因，培育短小果形的辣椒品種。
3.根據權利要求1所述的應用，其特征在于，在番茄過表達CaFS1基因，培育長果番茄品種。
【技術特征摘要】
1.?一種辣椒果實果形基因cafs1在調控辣椒或番茄果形中的應用，其特征在于，所述基因cafs1編碼區的cds核苷酸序列如seq?id?no：1所示。
2.根據權利要求...
【專利技術屬性】
技術研發人員：劉周斌，毛蓮珍，歐立軍，鄒學校，馬琦龍，
申請(專利權)人：湖南農業大學，
類型：發明
國別省市：
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