本發明專利技術公開了單核苷酸多態性rs2735591在檢測麻風病易感基因中的應用。本發明專利技術所保護的一個技術方案是檢測人基因組中rs2735591的多態性或基因型的物質在制備檢測與麻風病相關的單核苷酸多態性的產品中的應用。可將檢測rs2735591的多態性的物質與其它物質（如檢測其它的與麻風病相關的單核苷酸多態性的物質）聯合在一起制備篩查麻風病患者的產品。
【技術實現步驟摘要】
本專利技術涉及單核苷酸多態性rs2735591在檢測麻風病易感基因中的應用。
技術介紹
單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism, SNP)指基因組單個核苷酸的變異，它是最微小的變異單元，是由單個核苷酸對置換、顛換、插入或缺失所形成的變異形式。單核苷酸多態性是基因組上高密度的遺傳標志，在人類基因組中已發現的SNP數量超過3000萬。作為第三代遺傳標記SNP數量眾多、分布密集，易于檢測，因而是理想的基因 分型目標。SNP分型檢測在疾病基因組(如疾病易感性)，藥物基因組(藥效、藥物代謝差異和不良反應)和群體進化等研究中具有重大意義。目前已有多種方法可用于SNP檢測，如DNA測序、限制性酶切片段長度多態性、單鏈構象多態性、變性高效液相色譜、SNP芯片。其中，SNP芯片包括基于核酸雜交反應的芯片、基于單堿基延伸反應的芯片、基于等位基因特異性引物延伸反應的芯片、基于“一步法”反應的芯片、基于引物連接反應的芯片、基于限制性內切酶反應的芯片、基于蛋白DNA結合反應的芯片，及基于熒光分子DNA結合反應的芯片(張小燕等。用基因芯片檢測單核苷酸多態性反應原理。中國生物工程雜志。2005，25(11):52 56)。麻風病是一種由麻風分枝桿菌感染所致的慢性傳染病，在發展中國家這仍然是一個嚴重的健康問題，每年全球新發病例數為250000。主要侵犯皮膚和外周神經，并導致不可逆性的神經功能損害和慢性致畸致殘。這已被證明在麻風的流行中環境因素和宿主遺傳因素起著至關重要的作用，估計遺傳因素高達57%。世界衛生組織的方案把麻風病的臨床表現分為結核型和瘤型，分別對應了 Thl (細胞介導)和Th2 (體液介導)組織的人體的免疫應答。麻風病多樣性的臨床表現反映出人體對同種病原體的兩種截然不同的免疫應答，這就說明遺傳易感性在麻風發病中的重要性。遺傳研究的結果表明遺傳與麻風易感性和其臨床亞型的病情進展都有關聯。
技術實現思路
本專利技術所要解決的技術問題是提供單核苷酸多態性rs2735591在麻風病方面的新用途。本專利技術所提供的新用途是下述I) -9)中的至少一種I)檢測人基因組中rs2735591的多態性或基因型的物質在制備檢測與麻風病相關的單核苷酸多態性的產品中的應用；2)檢測人基因組中rs2735591的多態性或基因型的物質在制備鑒定或輔助鑒定與麻風病相關的單核苷酸多態性的產品中的應用；3)檢測人基因組中rs2735591的多態性或基因型的物質在制備篩查麻風病患者產品中的應用；4)檢測人基因組中rs2735591的多態性或基因型的物質在制備檢測麻風病易感性產品中的應用；5)人基因組中的單核苷酸多態性在制備檢測麻風病易感基因的產品中的應用，其中，所述單核苷酸多態性是refSNP ID為rs2735591的DNA序列多態性；6)人基因組中的單核苷酸多態性在制備鑒定或輔助鑒定麻風病易感基因的產品中的應用，其中，所述單核苷酸多態性是refSNP ID為rs2735591的DNA序列多態性；7)人基因組中rs2735591的多態性在制備篩查麻風病患者產品中的應用；8)人基因組中rs2735591的多態性在制備檢測麻風病易感性產品中的應用；9)包括檢測人基因組中rs2735591多態性的物質的產品，為a)_d)中的任一種產 品a)檢測與麻風病相關的單核苷酸多態性的產品，b)鑒定或輔助鑒定與麻風病相關的單核苷酸多態性的產品，c)篩查麻風病患者產品，d)檢測麻風病易感性產品。 在本專利技術的實施例中，所述麻風病具體為中國漢族人群麻風病。rs2735591是人染色體Ip 22上的一個二等位多態性的SNP位點，該變異是轉換(C/T，在其互補鏈上則為G/A)。所述rs2735591基因型是CC、CT或TT。所述CC是rs2735591位點為C的純合型，所述TT是rs2735591位點為T的純合型，所述CT是rs2735591位點為T和C的雜合型。所述檢測人基因組中rs2735591的多態性或基因型具體可為檢測rs2735591的核苷酸種類。實驗證明，rs2735591在由3148個麻風病患者組成的病例群體和由7843個正常人組成的病例對照群體的P值是I. 03X 10_9，相對危險度是I. 24，說明rs2735591是與麻風病相關的單核苷酸多態性。距離rs2735591 2kb的BCLlO經實驗證明是一種新的麻風病易感基因，另外在rs2735591的連鎖區域還發現兩個候選的易感基因Clorf52和DDAH1。Clorf52 和 DDAHl 與 BCLlO 相毗鄰。實驗證明，rs2735591的三個基因型中，CC基因型的個體在正常人群體中的比例是49. 2%，明顯高于麻風病患者群體中的比例39. 9%。在實際應用中，可將檢測rs2735591的多態性的物質與其它物質(如檢測其它的與麻風病相關的單核苷酸多態性的物質)聯合在一起制備篩查麻風病患者的產品。其中，檢測人基因組中rs2735591的多態性的物質可為通過下述至少一種方法確定rs2735591的多態性所需的試劑和/或儀器DNA測序、限制性酶切片段長度多態性、單鏈構象多態性、變性高效液相色譜和SNP芯片。其中，SNP芯片包括基于核酸雜交反應的芯片、基于單堿基延伸反應的芯片、基于等位基因特異性引物延伸反應的芯片、基于“一步法”反應的芯片、基于引物連接反應的芯片、基于限制性內切酶反應的芯片、基于蛋白DNA結合反應的芯片，及基于熒光分子DNA結合反應的芯片。所述產品可為試劑或試劑盒，還可為試劑或試劑盒和儀器的組合產品，如由引物和DNA測序儀組成的組合產品，由PCR試劑和DNA測序試劑和DNA測序儀組成的組合產品。本專利技術的一個實施例中，采用PCR引物擴增包括rs2735591在內的基因組DNA片段，以得到的PCR擴增產物為模板，采用單堿基延伸引物進行單堿基延伸反應，對得到的延伸產物的序列進行檢測，確定rs2735591的多態性和基因型。所述PCR引物在序列上沒有特殊要求，只要能擴增出包括rs2735591在內的基因組DNA片段即可，具體可為序列I和序列2所示的單鏈DNA。所述延伸引物根據人基因組中rs2735591上游(不包括該SNP位點)設計，所述延伸引物的最后I位核苷酸對應于人基因組中rs2735591的前I位核苷酸，如所述延伸引物具體可為TCCCTGTTTTATTTTTTCCTCTTAG(序列表中的序列3)，當然也可將序列3所示的單鏈DNA按照人基因組中rs2735591的上游序列延長一個以上核苷酸，或按照人基因組中rs2735591的上游序列缺失一個以上核苷酸，只要能使該單堿基延伸引物的3'末端延伸出rs2735591位點的核苷酸即可。本專利技術基于GWAS數據，以Toll和CARD為候選基因研究單核苷酸多態性與中國漢族人群麻風病遺傳易感性的關系，發現rs2735591是與麻風病相關的單核苷酸多態性。可將檢測rs2735591的多態性的物質與其它物質(如檢測其它的與麻風病相關的單核苷酸多 態性的物質)聯合在一起制備篩查麻風病患者的產品。附圖說明圖I為rs2735591的關聯區域。左側縱軸顯示為SNP的P值，右側縱軸顯示為重組率，橫軸顯示其物理位置，三角形所示的SNP為rs273本文檔來自技高網...
【技術保護點】
檢測人基因組中rs2735591的多態性或基因型的物質在制備檢測與麻風病相關的單核苷酸多態性的產品中的應用。
【技術特征摘要】
【專利技術屬性】
技術研發人員：田洪青，劉紅，張福仁，
申請(專利權)人：山東省皮膚病性病防治研究所，
類型：發明
國別省市：
還沒有人留言評論。發表了對其他瀏覽者有用的留言會獲得科技券。