組合物以及用于生產蛋白質的方法技術

本發明專利技術提供了一種選擇用于生產感興趣多肽的mRNA的方法，該方法包括：a)生產單獨mRNA序列的一個陣列，這些單獨mRNA序列包含對該感興趣多肽進行編碼的不同核苷酸序列；b)對(a)的每個單獨mRNA序列確定一種或多種或者兩種或更多種下列參數：(i)最小自由能（MFE）RNA二級結構；(ii)整體自由能（EFE）；(iii)在一種熱力學整體中的最小自由能頻率（FMFE）RNA二級結構；以及(iv)整體多樣性（ED）；c)根據步驟(b)中確定的這些參數，對該陣列中的單獨mRNA序列評等級；并且d)選擇來自步驟(c)的該分等級陣列中的一個mRNA序列，其中該選擇的mRNA生產該感興趣多肽。本發明專利技術進一步提供了一種選擇用于增強或減少生產感興趣多肽的mRNA的方法。

【技術實現步驟摘要】
【國外來華專利技術】
本專利技術提供了大體上關于蛋白質生產領域的方法。確切地，本專利技術提供了一種選擇用于生產感興趣多肽的mRNA的方法。
技術介紹
許多因素影響蛋白質生產，包括基因拷貝數目、基因位點、轉錄以及翻譯效率、轉錄因子以及mRNA穩定性。已經將努力集中在為了增加蛋白質生產而操縱這些因素以及其他因素的技術的開發上。因此，例如，在文獻中發現眾多通過改變密碼子的使用來增加蛋白質表達的報道，使得這種合成基因趨近為一種用于蛋白質表達的常見的策略。盡管有報道的優點，實驗的觀察常常強調在異源蛋白生產效率的確定中其他因素的重要性。因此，還沒有設計出用于提供在所需蛋白質生產中的可預測性水平的方法。因此，本專利技術通過那些提供用于對以所希望的量生產一種感興趣蛋白質的一種mRNA進行選擇的方法來解決本領域中的上述缺點。專利技術概述本專利技術的一個第一方面提供了一種選擇用于生產感興趣多肽的mRNA的方法，該方法包括:a)生產單獨mRNA序列的一個陣列，這些單獨mRNA序列包含對該感興趣多肽進行編碼的不同核苷酸序列山)對(a)的每個單獨mRNA序列確定一種或多種下列參數:(i)整體自由能(EFE) ;(ii)在一種熱力學整體中的最小自由能頻率(FMFE) RNA 二級結構；以及(iii)整體多樣性(ED) ；c)根據在步驟(b)中確定的這些參數，對該陣列中的這些單獨mRNA序列評等級；并且d)選擇來自步驟(c)的分等級陣列中的一個mRNA序列，其中該選擇的mRNA生產該感興趣多肽。本專利技術的另一方面提供了一種選擇用于生產感興趣多肽的mRNA的方法，該方法包括:a)生產單獨mRNA序列的一個陣列，這些單獨mRNA序列包含對該感興趣多肽進行編碼的不同核苷酸序列山)對(a)中的每個單獨mRNA序列的最小自由能(MFE)RNA 二級結構進行確定；c)對(a)中的每個單獨mRNA序列的一種或多種下列參數進行確定:(i)在一種熱力學整體中的最小自由能頻率(FMFE)RNA 二級結構；以及(ii)整體多樣性(ED);d)根據在以上步驟(b)和(c)中確定的這些參數的聯合分布，對該陣列中的這些單獨mRNA序列評等級；并且e)選擇來自步驟(d)的該分等級陣列中的一個mRNA序列,其中該選擇的mRNA生廣該感興趣多妝。 在其他方面，本專利技術提供了一種選擇用于生產感興趣多肽的mRNA的方法，該方法包括:a)生產一個陣列的單獨的mRNA序列，這些單獨mRNA序列包含對該感興趣多肽進行編碼的不同核苷酸序列山)對(a)中的每個單獨mRNA序列的整體自由能(EFE)進行確定；c)對(a)每個單獨mRNA序列確定一種或多種下列參數:(i)在一種熱力學整體中的最小自由能頻率(FMFE) RNA 二級結構；以及(ii)整體多樣性(ED);d)根據在以上步驟(b)和(c)中確定的這些參數的聯合分布，對該陣列中的這些單獨mRNA序列評等級；并且e)選擇來自步驟(d)的該分等級陣列中的一個mRNA序列，其中該選擇的mRNA生產該感興趣多肽。本專利技術進一步提供了一種選擇用于增強生產感興趣多肽的mRNA方法，該方法包括:a)生產單獨mRNA序列的一個陣列，這些單獨mRNA序列包含對該感興趣多肽進行編碼的不同核苷酸序列山)對(a)中的每個單獨mRNA序列的最小自由能(MFE)RNA 二級結構以及(a)中的每個單獨mRNA序列的在一個熱力學整體中的最小自由能頻率(FMFE) RNA 二級結構進行確定；c)根據以上步驟(b)中這些確定的MFE和FMFE的聯合分布對該陣列中的這些單獨mRNA序列評等級；并且d)從步驟(c)的該分等級陣列中選擇一種mRNA序列,其中該mRNA是選自具有MFE RNA 二級結構最高值以及FMFE RNA 二級結構最低值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中，或選自具有如在室溫下測量的在從大約Okcal/mol至大約_2kcal/mol范圍內的MFE RNA 二級結構以及FMFE RNA 二級結構最低值的這些mRNA序列的mRNA之中，其中與野生型mRNA序列相比，該選擇的mRNA序列的表達導致該感興趣多肽的增強生產。本專利技術的另外一方面提供了一種選擇用于減少生產感興趣多肽的mRNA方法，該方法包括:a)生產單獨mRNA序列的一個陣列，這些單獨mRNA序列包含對該感興趣多肽進行編碼的不同核苷酸序列山)對(a)中的每個單獨mRNA序列的最小自由能(MFE)RNA 二級結構以及(a)中的每個單獨mRNA序列的在一個熱力學整體中的最小自由能頻率(FMFE)RNA二級結構進行確定；c)根據以上步驟(b)中這些確定的MFE和FMFE的聯合分布對該陣列中的這些單獨mRNA序列評等級；并且d)從步驟(c)的該分等級陣列中選擇一種mRNA序列，其中該mRNA是選自該具有MFERNA 二級結構最低值以及FMFE RNA 二級結構最高值的分等級陣列中的大約0.0001%至大約20%的這些序列之中，或選自具有如在室溫下測量的在從大約_9kcal/mol至大約-18kcal/mol范圍內的MFE RNA 二級結構以及FMFERNA 二級結構最高值的這些mRNA 序列之中，其中與野生型mRNA序列相比，該選擇的mRNA序列的表達導致該感興趣多肽的減少生產。本專利技術的其他方面提供了一種選擇用于增強生產感興趣多肽的mRNA方法，該方法包括:a)生產單獨mRNA序列的一個陣列，這些單獨mRNA序列包含對該感興趣多肽進行編碼的不同的核苷酸序列山)對(a)中的每個單獨mRNA序列的整體自由能(EFE)以及(a)中的每個單獨mRNA序列的在一個熱力學整體中的最小自由能頻率(FMFE) RNA 二級結構進行確定；并且c)根據以上步驟(b)中這些確定的EFE和FMFE的聯合分布對該陣列中的這些單獨mRNA序列評等級；并且d)從步驟(c)的該分等級陣列中選擇一種mRNA序列,其中該mRNA是選自該具有EFE最高值以及FMFE RNA 二級結構最低值的分等級陣列中的大約0.0001%至大約20%的這些序列之中，其中與野生型mRNA序列相比，該選擇的mRNA序列的表達導致該感興趣多肽的增強生產。在仍其他方面中，本專利技術提供了一種選擇用于減少生產感興趣多肽的mRNA方法，該方法包括:a)生產單獨mRNA序列的一個陣列，這些單獨mRNA序列包含對該感興趣多肽進行編碼的不同的核苷酸序列；b)對(a)中的每個單獨mRNA序列的整體自由能(EFE)以及在一個熱力學整體中的最小自由能頻率(FMFE)RNA 二級結構進行確定；c)根據以上步驟(b)中這些確定的EFE和FMFE的聯合分布對該陣列中的這些單獨mRNA序列評等級；并且d)從步驟(c)的該分等級陣列中選擇一種mRNA序列,其中該mRNA是選自該具有EFE最低值以及FMFE RNA 二級結構最高值的分等級陣列中的大約0.0001%至大約20%的這些序列之中，其中與野生型mRNA序列相比，該選擇的mRNA序列的表達導致該感興趣多肽的減少生產。本專利技術進一步提供了一種選擇用于生產感興趣多肽的mRNA的方法，該方法包括:a)生產單獨mRNA序列的一個陣列，這些單獨mRNA序列包含對該感興趣多肽進行編碼的不同的核苷酸序列；b)對(a)中的每個單獨mRNA序列的最小自由能本文檔來自技高網...

【技術保護點】

【技術特征摘要】
【國外來華專利技術】2010.06.11 US 61/353,8791.一種選擇用于生產感興趣多肽的mRNA的方法，該方法包括:a)生產單獨mRNA序列的一個陣列，這些單獨mRNA序列包含對該感興趣多肽進行編碼的不同核苷酸序列；b)對(a)的每個單獨mRNA序列確定以下一個或多個參數:⑴整體自由能(EFE)；( )在一種熱力學整體中的最小自由能頻率(FMFE) RNA 二級結構；(iii)整體多樣性(ED)；c)根據在步驟(b)中確定的這些參數的聯合分布，對該陣列的這些單獨mRNA序列評等級；并且d)選擇來自步驟(c)的該分等級陣列中的一個mRNA序列，其中該選擇的mRNA生產該感興趣多妝。2.根據權利要求1所述的方法，其中步驟(b)進一步包括對(a)中的每個單獨mRNA序列的堿基配對概率進行確定。3.根據權利要求1或權利 要求2所述的方法，其中該感興趣多肽的生產增強。4.根據權利要求1或權利要求2所述的方法，其中該感興趣多肽的生產減少。5.根據權利要求3所述的方法，其中在步驟(b)中該確定的一個或多個參數是EFE并且步驟(d)中的該mRNA是選自該具有EFE最高值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。6.根據權利要求4所述的方法，其中在步驟(b)中該確定的一個或多個參數是EFE并且該步驟(d)中的mRNA是選自該具有最低EFE值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。7.根據權利要求3所述的方法，其中在步驟(b)中該確定的一個或多個參數是FMFERNA 二級結構并且該步驟(d)中的mRNA是選自該具有FMFE RNA 二級結構最低值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。8.根據權利要求4所述的方法，其中在步驟(b)中該確定的一個或多個參數是FMFERNA 二級結構并且該步驟(d)中的mRNA是選自該具有FMFE RNA 二級結構最高值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。9.根據權利要求3所述的方法，其中在步驟(b)中該確定的一個或多個參數是ED并且該步驟(d)中的mRNA是選自該具有ED最高值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。10.根據權利要求4所述的方法，其中在步驟(b)中該確定的一個或多個參數是ED并且該步驟(d)中的mRNA是選自該具有最低ED值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。11.根據權利要求3所述的方法，其中在步驟(b)中該確定的一個或多個參數是EFE和FMFE,并且該步驟(d)中的mRNA是選自該具有EFE最高值以及FMFE RNA 二級結構最低值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。12.根據權利要求4所述的方法，其中在步驟(b)中該確定的一個或多個參數是EFE和FMFE，并且該步驟(d)中的mRNA是選自該具有最低EFE值以及FMFE RNA 二級結構最高值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。13.根據權利要求3所述的方法，其中在步驟(b)中該確定的一個或多個參數是EFE和ED，并且該步驟(d)中的mRNA是選自該具有EFE最高值以及ED最高值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。14.根據權利要求4所述的方法，其中在步驟(b)中該確定的一個或多個參數是EFE和ED，并且該步驟(d)中的mRNA是選自該具有EFE最低值以及ED最低值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。15.根據權利要求3所述的方法，其中在步驟(b)中該確定的一個或多個參數是EFE和FMFE RNA 二級結構以及ED，并且該步驟(d)中的mRNA是選自該具有EFE最高值和FMFE最低值以及ED最高值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。16.根據權利要求4所述的方法，其中在步驟(b)中該確定的一個或多個參數是EFE和FMFE RNA 二級結構以及ED，并且該步驟(d)中的mRNA是選自該具有EFE最低值和FMFE最高值以及ED最低值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。17.根據權利要求5、7、9、11、13或15中任一項所述的方法，其中在步驟(d)中該確定的一個或多個參數是堿基配對概率。18.根據權利要求6、8、10、12、14或16中任一項所述的方法，其中在步驟(d)中該確定的一個或多個參數是堿基配對概率。19.根據權利要求1所述的方法，其中當來自步驟(b)的兩種或更多種參數被確定時，根據這些確定的參數的聯合分布，對在步驟(C)的該陣列中的這些單獨序列評等級。20.根據權利要求1至9中任一項所述的方法，其中在步驟(d)中該選擇的單獨mRNA序列包括在起始密碼子附近的一種或多種稀有密碼子。21.一種選擇用于生 產感興趣多肽的mRNA的方法，該方法包括:a)生產單獨mRNA序列的一個陣列，這些單獨mRNA序列包含對該感興趣多肽進行編碼的不同核苷酸序列；b)對(a)中的每個單獨mRNA序列的最小自由能(MFE)RNA 二級結構進行確定；以及c)對(a)每個單獨mRNA序列確定一種或多種下列參數:(i)在一種熱力學整體中的最小自由能頻率(FMFE)RNA 二級結構；以及(ii)整體多樣性(ED)；d)根據在以上步驟(b)和(C)中確定的這些參數的聯合分布，對該陣列中的這些單獨mRNA序列評等級；并且e)選擇來自步驟(d)的該分等級陣列中的一個mRNA序列，其中該選擇的mRNA生產該感興趣多妝。22.根據權利要求21所述的方法，其中步驟(c)進一步包括對(a)中的每個單獨mRNA序列的堿基配對概率進行確定。23.根據權利要求21所述的方法，其中該步驟(e)中的mRNA是選自以下各項:具有在從大約Okcal/mol至大約_2kcal/mol范圍內的MFE RNA 二級結構的mRNA的組，具有在從大約-2kcal/mol至大約_9kcal/mol范圍內的MFERNA 二級結構的mRNA的組，或具有在從大約_9kcal/mol至大約-18kcal/mol范圍內的MFE RNA 二級結構的mRNA的組。24.根據權利要求21-23中任一項所述的方法，其中該感興趣多肽的生產增強。25.根據權利要求21-23中任一項所述的方法，其中該感興趣多肽的生產減少。26.根據權利要求24所述的方法，其中在步驟(c)中該確定的一個或多個參數是ED并且該步驟(e)中的mRNA是選自該具有MFE RNA 二級結構最高值以及ED最高值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。27.根據權利要求25所述的方法，其中在步驟(c)中該確定的一個或多個參數是ED并且該步驟(e)中的mRNA是選自該具有MFE RNA 二級結構最低值以及ED最低值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。28.根據權利要求24所述的方法，其中在步驟(c)中該確定的一個或多個參數是FMFERNA 二級結構以及ED，并且該步驟(e)中的mRNA是選自具有該MFE RNA 二級結構最高值、FMFE RNA 二級結構最低值以及ED最高值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。29.根據權利要求25所述的方法，其中在步驟(c)中該確定的一個或多個參數是FMFERNA 二級結構以及ED，并且該步驟(e)中的mRNA是選自具有該MFE RNA 二級結構最低值、FMFE RNA 二級結構最高值以及ED最低值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。30.根據權利要求26或權利要求28所述的方法，其中在步驟(c)中該確定的一個或多個參數是堿基配對概率。31.根據權利要求27或權利要求29所述的方法，其中在步驟(c)中該確定的一個或多個參數是堿基配對概率。32.根據權利要求24所述的方法，其中該步驟(e)中的mRNA是選自具有如在室溫下測量的在從大約Okcal/mol至大約_2kcal/mol范圍內的MFERNA 二級結構的mRNA之中。33.根據權利要求25所述的方法，其中該步驟(e)中的mRNA是選自具有如在室溫下測量的在從大約-9kcal/mol至大約-18kcal/mol范圍內的MFERNA 二級結構的mRNA之中。34.一種選擇用于生產感興趣多肽的mRNA的方法，該方法包括:a)生產單獨mRNA序列的一個陣列，這些單獨mRNA序列包含對該感興趣多肽進行編碼的不同核苷酸序列；b)對(a)中的每個單獨mRNA序列的整體自由能(EFE)進行確定；c)對(a)每個單獨mRNA序列確定一種或多種下列參數:(i)在一種熱力學整體中的最小自由能頻率(FMFE)RNA 二級結構；以及(ii)整體多樣性(ED)；d)根據在以上步驟(b)和(C)中確定的這些參數的聯合分布，對該陣列中的這些單獨mRNA序列評等級；并且e)選擇來自步驟(d)的該分等級陣列中的一個mRNA序列，其中該選擇的mRNA生產該感興趣多妝。35.根據權利要求34所述的方法，其中步驟(c)進一步包括對(a)中的每個單獨mRNA序列的堿基配對概率進行確定。36.根據權利要求34或35所述的方法，其中該感興趣多肽的生產增強。37.根據權利要求34或35所述的方法，其中該感興趣多肽的生產減少。38.根據權利要求36所述的方法，其中在步驟(c)中該確定的一個或多個參數是ED并且該步驟(e)中的mRNA是選自該具有EFE最高值以及ED最高值的分等級陣列中大約·0.0001%至大約20%的這些序列之中。39.根據權利要求37所述的方法，其中在步驟(c)中該確定的一個或多個參數是ED并且該步驟(e)中的mRNA是選自該具有EFE最低值以及ED最低值的分等級陣列中大約0.0001%至大約20%的這些序列之中。40.根據權利要求36所述的方法，其中在步驟(c)中該確定的一個或...

【專利技術屬性】
技術研發人員：SS巴蘇，KK丹格，K阿扎卡南達姆，TZ麥克尼爾，S郭，
申請(專利權)人：先正達參股股份有限公司，
類型：
國別省市：