一種與水稻江南晚穗瘟抗性基因緊密連鎖的分子標記及其應用制造技術(shù)

本發(fā)明專利技術(shù)屬于作物分子遺傳育種學領域，公開了一種與水稻江南晚穗瘟抗性基因緊密連鎖的分子標記及其應用，包括如下步驟：(1)取水稻樣品，提取水稻樣品基因組DNA；(2)利用RM27273和BS33中的任意一對分子標記的引物對，對水稻樣品基因組DNA進行PCR擴增，PCR擴增產(chǎn)物進行電泳檢測，如果擴增出對應大小的分子標記DNA片段，標志著Pb?jn1基因的存在。通過本發(fā)明專利技術(shù)提供的水稻穗瘟抗性基因Pb?jn1的分子標記可以檢測水稻江南晚及其雜交、回交和復交后代是否含有該基因，可預測其對稻瘟病的抗性水平，大大提高水稻抗穗瘟材料的選擇效率，加快抗病育種進程。

【技術(shù)實現(xiàn)步驟摘要】

本專利技術(shù)屬于農(nóng)作物分子遺傳育種學領域，涉及一種與水稻江南晚穗瘟抗性基因緊密連鎖的分子標記及其應用。
技術(shù)介紹
水稻是我國最重要的糧食作物之一，對保障我國糧食安全和國民經(jīng)濟增長具有重要意義。稻瘟病是我國水稻生產(chǎn)上最嚴重的病害，具有傳播快、發(fā)生廣、危害重等特點(凌忠專等，1989，我國北方稻區(qū)稻瘟病菌生理小種研究.中國農(nóng)業(yè)科學，22(3):7-13)。進一步發(fā)掘和利用我國抗稻瘟病基因資源，培育和種植抗病品種是控制稻瘟病發(fā)生和減少水稻產(chǎn)量損失最經(jīng)濟有效的途徑。迄今，各國科學家從水稻中鑒定了80多個抗稻瘟病基因，其中有24個抗病基因被成功克隆。這些抗病基因可以引入或聚合到現(xiàn)代品種，選育出高抗、廣譜的品種。但傳統(tǒng)育種方法費時、費力、表型鑒定困難、育種效率低，由于抗病基因多為顯性、基因間往往存在上位性互作，抗病基因聚合更為困難。通過分子標記輔助育種可以有效解決這一問題。我國太湖流域稻作歷史悠久，被認為是粳稻起源地之一，蘊藏有豐富的稻種資源，李培富等(2007，4個太湖流域粳稻地方品種抗稻瘟病性的遺傳分析，遺傳，2007年10期)報道我國太湖流域粳稻地方品種江南晚對稻瘟病菌的抗性表現(xiàn)廣譜和高抗的特點。從我國特有的種質(zhì)資源中鑒定和克隆穗瘟抗性基因，可以獲得具有自主知識產(chǎn)權(quán)的基因，對提高我國水稻抗稻瘟病育種水平，尤其是粳稻的抗稻瘟病育種有重大意義。
技術(shù)實現(xiàn)思路
本專利技術(shù)的目的在于提供一種用于檢測與水稻稻瘟病抗性基因緊密連鎖的分子標記的引物對或引物對組及其應用。本專利技術(shù)的另一目的在于提供一種用于檢測或輔助檢測水稻抗稻瘟病基因的試劑盒及其應用。本專利技術(shù)的又一目的在于提供一種檢測水稻抗稻瘟病基因或選擇水稻抗稻瘟病品種的分子標記方法及其應用。本專利技術(shù)主要提供水稻品種江南晚穗瘟抗性基因Pb-jn1的分子標記方法。通過檢測與抗病基因Pb-jn1緊密連鎖的分子標記，可以確定有無抗病基因Pb-jn1，并預測水稻植株的稻瘟病抗性，加快抗稻瘟病水稻新品種的選育進度。本專利技術(shù)的目的可通過如下技術(shù)方案實現(xiàn)：一種用于檢測與水稻稻瘟病抗性基因緊密連鎖的分子標記的引物對或引物對組，所述的引物對為引物對A或引物對B；所述的引物對組由引物對A和引物對B組成；所述引物對A為由如SEQIDNO.1所示的核苷酸片段和如SEQIDNO.2所示的核苷酸片段組成的引物對；所述引物對B為由如SEQIDNO.3所示的核苷酸片段和如SEQIDNO.4所示的核苷酸片段組成的引物對。表1為引物對及其所對應的分子標記上述的引物對或引物對組在制備檢測或輔助檢測水稻抗稻瘟病基因的試劑盒中的應用。一種用于檢測或輔助檢測水稻抗稻瘟病基因的試劑盒，該試劑盒包含有上述的引物對或引物對組。上述的用于檢測或輔助檢測水稻抗稻瘟病基因的試劑盒還包含有PCR技術(shù)常用的試劑。上述的引物對、引物對組及試劑盒在檢測或輔助檢測水稻抗稻瘟病基因或選擇水稻抗稻瘟病品種中的應用。一種檢測水稻抗稻瘟病基因或選擇水稻抗稻瘟病品種的分子標記方法，包括以下步驟：(1)提取待測水稻樣品基因組DNA；(2)以步驟(1)提取的基因組DNA為模板，采用上述的引物對或引物對組進行PCR擴增，獲得PCR產(chǎn)物；(3)檢測PCR產(chǎn)物如果擴增出大小為117bp或/和162bp的分子標記片段，標志水稻樣品中晚穗瘟抗性基因Pb-jn1存在，則待測的水稻樣品為抗稻瘟病品種或候選的抗稻瘟病品種。所述PCR擴增的反應體系為：10×含Mg2+的緩沖液1.0μl，4pmol/μl的引物對或引物對組1μl，2.5mMdNTPs0.2μl，5U/μl的Taq酶0.1μl，10ng/μl的水稻樣品基因組模板DNA1μl，加水至10μl。所述PCR擴增的反應程序為：94℃預變性5分鐘后；94℃變性30秒，55℃退火30秒，72℃延伸展1分鐘，循環(huán)35次；最后72℃延伸10分鐘。本專利技術(shù)水稻江南晚穗瘟抗性基因Pb-jn1的分子標記方法的具體步驟為：(1)取水稻樣品，提取水稻樣品基因組DNA；(2)利用與水稻江南晚穗瘟抗性基因Pb-jn1緊密連鎖的分子標記引物，對所述的水稻樣品基因組DNA進行PCR擴增，PCR擴增產(chǎn)物在8％非變性聚丙烯酰胺凝膠上進行電泳檢測，如果擴增出對應大小的分子標記DNA片段，標志著Pb-jn1基因的存在。上述的方法在提高水稻抗稻瘟病品種育種進程中的應用。本專利技術(shù)的有益效果本專利技術(shù)所提供的水稻江南晚穗瘟抗性基因的分子標記方法，具有以下優(yōu)點：(1)江南晚為太湖流域粳稻地方品種，具有廣譜高抗穗瘟的特征，其主效抗病基因Pb-jn1為一個新的穗瘟抗性基因，篩選獲得與之緊密連鎖的分子標記RM27273和BS33，為分子標記輔助選擇育種和克隆Pb-jn1基因奠定了基礎。利用本專利技術(shù)任意一對與水稻江南晚穗瘟抗性基因Pb-jn1緊密連鎖的分子標記引物對，進行穗瘟抗性基因Pb-jn1的鑒別，選擇效率都達到98.8％以上，利用兩對分子標記引物的選擇效率達99.98％。(2)通過本專利技術(shù)分子標記定位的基因位點精確，鑒定方便。由于這些標記與穗瘟抗性基因Pb-jn1的重組率低(≤1.2％)，通過檢測這些與抗病基因Pb-jn1緊密連鎖的分子標記，可以確定抗稻瘟病基因Pb-jn1(t)的存在與否，預測水稻植株的稻瘟病抗性，從而快速抗病育種進程。(3)輔助育種選擇目標明確，節(jié)約成本。在傳統(tǒng)抗病育種方法中，對育種材料的穗瘟抗性進行表型鑒定，受接種環(huán)境影響較大，表型鑒定的結(jié)果可靠性低。因此抗病育種不僅費時，而且難度大，成本高。通過檢測穗瘟抗性基因Pb-jn1，可以在苗期取樣，提取DNA，利用上述標記就可鑒定出抗稻瘟病的單株，淘汰其它植株，不僅節(jié)約生產(chǎn)成本、控制育種群體規(guī)模，而且大大提高抗稻瘟病個體的選擇效率。附圖說明圖1.水稻穗瘟抗性基因Pb-jn1緊密連鎖SSR標記RM27273的8％非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳圖。其中：M：分子量Marker；J：江南晚；S：蘇御糯；F：雜合型；1-5：抗病重組自交系；6-10：感病重組自交系。圖2.水稻穗瘟抗性基因Pb-jn1緊密連鎖SSR標記BS33的8％非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳圖。其中：M：分子量Marker；J：江南晚；S：蘇御糯；F：雜合型；1-5：感病重組自交系；6-10：抗病重組自交系。具體實施方式實施例1(一)材料與方法：1.李培富等利用抗稻瘟病水稻地方品種江南晚(♀)與感病品種蘇御糯(♂)雜交獲得F1，自交獲得F2分離群體，用于遺傳分析，明確江南晚對本文檔來自技高網(wǎng)...

【技術(shù)保護點】
一種用于檢測與水稻稻瘟病抗性基因緊密連鎖的分子標記的引物對或引物對組，其特征在于所述的引物對為引物對A或引物對B；所述的引物對組由引物對A和引物對B組成；所述引物對A為由如SEQ?ID?NO.1所示的核苷酸片段和如SEQ?ID?NO.2所示的核苷酸片段組成的引物對；所述引物對B為由如SEQ?ID?NO.3所示的核苷酸片段和如SEQ?ID?NO.4所示的核苷酸片段組成的引物對。

【技術(shù)特征摘要】
1.一種用于檢測與水稻稻瘟病抗性基因緊密連鎖的分子標記的引物對或引物對組，其特
征在于所述的引物對為引物對A或引物對B；所述的引物對組由引物對A和引物對B組成；所
述引物對A為由如SEQIDNO.1所示的核苷酸片段和如SEQIDNO.2所示的核苷酸片段組成
的引物對；所述引物對B為由如SEQIDNO.3所示的核苷酸片段和如SEQIDNO.4所示的核
苷酸片段組成的引物對。
2.權(quán)利要求1所述的引物對或引物對組在制備用于檢測或輔助檢測水稻抗稻瘟病基因的
試劑盒中的應用。
3.一種用于檢測或輔助檢測水稻抗稻瘟病基因的試劑盒，其特征在于該試劑盒包含有權(quán)
利要求1所述的引物對或引物對組。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的用于檢測或輔助檢測水稻抗稻瘟病基因的試劑盒，其特征在于
該試劑盒還包含有PCR技術(shù)常用的試劑。
5.權(quán)利要求1～4中任一所述的引物對、引物對組及試劑盒在檢測或輔助檢測水稻抗稻瘟
病基因或選擇水稻抗稻瘟病品種中的應用。
6.一種檢測水稻抗稻瘟病基因或選擇水稻抗稻瘟病品種的分子標記方法，其特征在于包
括以下步驟：
(1)提取待測水稻樣品...

【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：鮑永美，張紅生，王瑞森，黃驥，王建飛，王州飛，程金平，
申請(專利權(quán))人：南京農(nóng)業(yè)大學，
類型：發(fā)明
國別省市：江蘇;32