無參轉錄組自動化分析方法技術

本發明專利技術公開的一種無參轉錄組自動化分析方法，包括如下步驟：1)輸入要進行分析的項目信息步驟；2)開始標準分析步驟；3)查看程序輸出和運行日志步驟。本發明專利技術的有益效果在于：基于Perl語言和PBS集群管理軟件的自動化分析流程，可進行批量項目分析，自動銜接分析項目，提高服務器使用效率，減少分析人員的分析壓力，便于控制分析內容。

Automatic analysis method without reference transcriptome

The invention discloses a non parametric automatic transcriptome analysis method, which comprises the following steps: 1) input to analyze the project information; 2) to standard analysis steps; 3) to see the program output and operation log steps. The invention has the advantages that: process automation Perl language and PBS cluster management software based on the analysis, can be used for batch project analysis, automatic analysis of Cohesion Project, improve server utilization efficiency, reduce the pressure of personnel analysis, content analysis and easy to control.

【技術實現步驟摘要】
無參轉錄組自動化分析方法
本專利技術涉及生物信息分析
，尤其涉及無參轉錄組分析系統及方法，特別涉及無參轉錄組自動化分析方法。
技術介紹
隨著第二代測序技術的迅猛發展，其高通量、快速、低成本的特點成為越來越多的生物學研究者在解決生物學問題時的首選，尤其在轉錄組測序方面更顯示出極大的潛力。轉錄組(transcriptome)即特定生物體在某種狀態下所有基因轉錄產物的總和，也是連接基因組遺傳信息與生物功能(蛋白質組)的必然紐帶。轉錄組研究是功能基因組研究的一項重要內容。相對于真核生物全基因組測序來說，轉錄組測序得到的序列不含有內含子及其它非編碼序列，因此轉錄組測序有著無可比擬的高性價比優勢。研究基因組結構的復雜性及遺傳語言的根本規律，需要對測序所得的海量數據進行精準且全面的揭示和分析。目前轉錄組測序及分析技術可以解決新基因的深度發掘、低豐度轉錄本的發現、轉錄圖譜繪制、可變剪接的調控、代謝途徑確定、基因家族鑒定及進化分析等各方面的問題。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點，已經被廣泛應用于醫學、農學等各個領域。目前現存的轉錄組分析方式存在以下缺陷：每項分析內容可選軟件很多，不同生物信息分析人員使用的軟件不統一，分析人員的技術水平也有高有低，給出的分析結果存在差異，導致后期項目交接困難，高級分析難以開展，容易導致分析項目的錯漏。同時，各項分析需要單獨運行，不能自動分配計算節點，也不能自動銜接后續分析，增加了分析等待時間，影響測序數據的處理效率。專利技術創造內容本專利技術的目的在于針對現有技術所存在的缺陷而提供一種無參轉錄組自動化分析方法，該無參轉錄組自動化分析方法基于Perl語言的自動化分析流程，可進行批量項目分析，提高服務器使用效率，減少分析人員的分析壓力，便于控制分析內容。為了實現上述目的，本專利技術所采用的技術方案如下：一種無參轉錄組自動化分析方法，包括如下步驟：1)輸入要進行分析的項目信息步驟將項目開題單號、物種類型、email、KAAS注釋參考物種、樣品過濾數據、樣品分組以及需要分析的項目以一行表示一個信息進行輸入；2)開始標準分析步驟根據步驟1)所設定的需要分析的項目，進行后續分析，該步驟默認的標準流程包括轉錄本拼接、Unigene聚類、Unigene功能注釋、表達定量、表達差異富集分析以及結構分析；3)查看程序輸出和運行日志步驟在分析進行過程中，如果程序出現問題，會將錯誤信息保存到對應的分析項目的目錄下，同時分析流程使用的命令也會寫入日志文件；通過檢查日志文件和錯誤信息，保證分析結果的正確性。本專利技術的有益效果在于：基于Perl語言和PBS集群管理軟件的自動化分析流程，可進行批量項目分析，自動銜接分析項目，提高服務器使用效率，減少分析人員的分析壓力，便于控制分析內容。附圖說明圖1為本專利技術的無參考轉錄組自動化流程的方法流程圖。具體實施方式為了能夠更清楚地理解本專利技術的
技術實現思路
，特舉以下實施例詳細說明。請參閱圖1所示，為本專利技術的無參考轉錄組測序數據處理方法的步驟流程圖。在具體實施方式中，該方法如圖1所示包括以下步驟：(1)輸入的需要分析的項目的信息文件；(2)檢測信息的是否滿足條件(格式是否正確)，；(3)格式正確后，會生成對應的分析項目列表，按照項目分析的前后順序進行分析；(4)查找項目需要的數據，判斷是否存在，如果存在，進行分析，如果不存在，寫入日志，該項目不分析；(5)按照程序設定的目錄結構，輸出結果文件。在實際應用中，本專利技術的方法所利用的工具包共包含1個Perl編寫主程序代碼和47個Perl、R或shell編寫的子程序代碼。主程序名為：RNASeq_Denovo_Main.pl。流程所使用的每個子程序腳本既能夠獨立執行，也可以嵌入到已有的數據分析流程中，使用非常靈活。程序基于的Perl、R和shell語言，可以在Linux、MacOS等多種類unix系統平臺下使用，能夠在任意安裝上述系統的服務器上進行使用。在應用過程中，上述腳本會返回一系列詳細的參數設置和對應的參數說明，指導數據分析人員正確使用這些方法。其中，參數分為兩種類型：必要參數和可選參數。必要參數要求由數據分析人員提供輸入值，無默認值。可選參數的默認值有預設值，分析人員也可以結合實際需求進行調整，具有靈活性。在此說明書中，本專利技術已參照其特定的實施例作了描述。但是，很顯然仍可以作出各種修改和變換而不背離本專利技術的精神和范圍。因此，說明書和附圖應被認為是說明性的而非限制性的。本文檔來自技高網...

【技術保護點】
一種無參轉錄組自動化分析方法，其特征在于，包括如下步驟：1)輸入要進行分析的項目信息步驟將項目開題單號、物種類型、email、KAAS注釋參考物種、樣品過濾數據、樣品分組以及需要分析的項目以一行表示一個信息進行輸入；2)開始標準分析步驟根據步驟1)所設定的需要分析的項目，進行后續分析，該步驟默認的標準流程包括轉錄本拼接、Unigene聚類、Unigene功能注釋、表達定量、表達差異富集分析以及結構分析；3)查看程序輸出和運行日志步驟在分析進行過程中，如果程序出現問題，會將錯誤信息保存到對應的分析項目的目錄下，同時分析流程使用的命令也會寫入日志文件；通過檢查日志文件和錯誤信息，保證分析結果的正確性。

【技術特征摘要】
1.一種無參轉錄組自動化分析方法，其特征在于，包括如下步驟：1)輸入要進行分析的項目信息步驟將項目開題單號、物種類型、email、KAAS注釋參考物種、樣品過濾數據、樣品分組以及需要分析的項目以一行表示一個信息進行輸入；2)開始標準分析步驟根據步驟1)所設定的需要分析的項目，進行后續分析，該步驟默認的標...

【專利技術屬性】
技術研發人員：沈立，王智健，姜麗榮，孫子奎，
申請(專利權)人：上海派森諾生物科技股份有限公司，
類型：發明
國別省市：上海,31