本發(fā)明專利技術(shù)涉及一種與雞熱應(yīng)激耐受力有關(guān)的SNP分子標(biāo)記，所述的SNP分子標(biāo)記對(duì)應(yīng)于NCBI上雞的參考基因組(Gallus Gallus 5.0)第5號(hào)染色體第40827385位以及40829460位。其中兩個(gè)位點(diǎn)為CC和TT時(shí)可作為優(yōu)勢(shì)基因型對(duì)雞的熱應(yīng)激耐受力進(jìn)行選擇，為雞分子標(biāo)記輔助選育熱應(yīng)激耐受群體提供了一種有效、簡(jiǎn)單易操作、費(fèi)用低的分子遺傳標(biāo)記，為雞的熱應(yīng)激耐受力改良提供了一種有效的分子遺傳標(biāo)記。了一種有效的分子遺傳標(biāo)記。了一種有效的分子遺傳標(biāo)記。
【技術(shù)實(shí)現(xiàn)步驟摘要】
與雞熱應(yīng)激耐受力有關(guān)的分子標(biāo)記、引物組合及其檢測(cè)鑒定方法
[0001]本專利技術(shù)涉及基因工程和遺傳育種領(lǐng)域，具體涉及一種與雞熱應(yīng)激耐受力有關(guān)的分子標(biāo)記、引物組合及其檢測(cè)鑒定方法。
技術(shù)介紹
[0002]2022年國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃將農(nóng)業(yè)生物環(huán)境適應(yīng)性納入申報(bào)指南，以響應(yīng)國(guó)家保障人民糧食安全的舉措。禽產(chǎn)品作為人民糧食的重要組成部分，保障其質(zhì)量安全至關(guān)重要。而家禽養(yǎng)殖系統(tǒng)受多種的氣候因素影響，但是由于當(dāng)今公眾的認(rèn)知和豐富的科學(xué)信息攝入，與熱應(yīng)激相關(guān)的禽產(chǎn)品質(zhì)量安全問題變得尤為突出。在現(xiàn)代集約化家禽養(yǎng)殖的環(huán)境下，熱應(yīng)激壓力在家禽生產(chǎn)中受到特別的關(guān)注，它已成為影響家禽生產(chǎn)性能的最關(guān)鍵的環(huán)境因素之一，包括造成家禽免疫力下降、生長(zhǎng)速度減慢、飼料轉(zhuǎn)化率低、禽產(chǎn)品質(zhì)量變差等不利影響，對(duì)家禽生產(chǎn)造成了巨大的經(jīng)濟(jì)損失，每年高達(dá)1.28
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1.65億美元。現(xiàn)代商業(yè)化家禽由于其快速的新陳代謝而易產(chǎn)生更多的熱量，使得家禽對(duì)環(huán)境溫度更為敏感。因此，迫切需要制定各種有效的緩解策略，減少相應(yīng)的生產(chǎn)損失。一般生產(chǎn)中重點(diǎn)針對(duì)環(huán)境改善或通過營(yíng)養(yǎng)策略來調(diào)整改善熱應(yīng)激時(shí)的不良影響，但這不能滿足應(yīng)激條件下家禽的特殊需要且緩解效果有限。因此，迫切需要開發(fā)有效遺傳標(biāo)記等有效策略，對(duì)家禽進(jìn)行耐熱能力的選育才是有效之計(jì)。
[0003]目前國(guó)內(nèi)外關(guān)于雞熱應(yīng)激耐受力的分子標(biāo)記研究尚少，僅有少數(shù)研究報(bào)道了可作為雞抗熱應(yīng)激的潛在遺傳標(biāo)記。在當(dāng)今平衡育種理念下，提高雞熱應(yīng)激的耐受力對(duì)于適應(yīng)未來全球氣候變化形勢(shì)至關(guān)重要。因此，精準(zhǔn)定位與雞熱應(yīng)激耐受相關(guān)的數(shù)量性狀SNP位點(diǎn)和篩選可鑒定其個(gè)體耐受力的DNA分子標(biāo)記，不僅可以避免雞遭受熱應(yīng)激時(shí)表型觀測(cè)選擇的繁瑣，更可以提高選擇的準(zhǔn)確性和選擇的遺傳進(jìn)展，對(duì)有效篩選雞熱應(yīng)激耐受的個(gè)體和抗熱應(yīng)激雞群體的選育意義重大。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
[0004]為了有效篩選雞熱應(yīng)激耐受的個(gè)體，本專利技術(shù)一方面提供了一種與雞熱應(yīng)激耐受力有關(guān)的SNP分子標(biāo)記，所述的SNP分子標(biāo)記對(duì)應(yīng)于NCBI上雞的參考基因組(Gallus Gallus 5.0)第5號(hào)染色體第40827385位以及40829460位。
[0005]較佳地，所述的第5號(hào)染色體第40827385位脫氧核苷酸是A、或者是C、或者是A和C。
[0006]較佳地，所述的第5號(hào)染色體第40829460位脫氧核苷酸是C、或者是T、或者是C和T。
[0007]較佳地，所述的SNP分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示且第163為堿基是G或者是A。
[0008]較佳地，所述的SNP分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示且第40為堿基是G或者是A。
[0009]較佳地，所述的SNP分子標(biāo)記用于如下應(yīng)用：
[0010](1)輔助鑒定雞的熱應(yīng)激耐受能力；
[0011](2)選育熱應(yīng)激耐受力相對(duì)較高的雞群體。
[0012]較佳地，所述熱應(yīng)激耐受力相對(duì)較高是指與對(duì)應(yīng)于NCBI上雞的參考基因組(Gallus Gallus 5.0)第5號(hào)染色體第40827385位脫氧核苷酸是A的純合體或者是C和A的雜合體以及40829460位脫氧核苷酸是C的純合體或者是C和T的雜合體的雞相比，對(duì)應(yīng)于NCBI上雞的參考基因組(Gallus Gallus 5.0)第5號(hào)染色體第40827385位脫氧核苷酸是C的純合體和第40829460位脫氧核苷酸是T的純合體的雞熱應(yīng)激耐受力更強(qiáng)。
[0013]較佳地，所述熱應(yīng)激耐受力相對(duì)較高是指與對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO.5第163位脫氧核苷酸是A的純合體或者是C和A的雜合體以及SEQ ID NO.6第40位脫氧核苷酸是C的純合體或者是C和T的雜合體的雞相比，對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO.5第163位脫氧核苷酸是CC的純合體以及SEQ ID NO.6第40位脫氧核苷酸是TT的純合體的雞熱應(yīng)激耐受力更強(qiáng)。
[0014]本專利技術(shù)第二方面提供了一種引物組合，所述引物組合分別由SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.3所示核苷酸序列的上游引物和具有SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.4所示核苷酸序列的下游引物組成。
[0015]本專利技術(shù)第三方面提供了一種檢測(cè)鑒定耐受熱應(yīng)激的雞的方法，包括以下步驟：
[0016](1)提取一定樣本數(shù)量的待檢測(cè)雞的基因組DNA；
[0017](2)檢測(cè)所述的基因組DNA中如權(quán)利要求1～5任一項(xiàng)所述的SNP分子標(biāo)記位點(diǎn)的基因型；
[0018](3)基于SNP位點(diǎn)的基因型對(duì)雞高溫耐受雞進(jìn)行選擇，其中，選擇如權(quán)利要求1所述的2個(gè)位點(diǎn)分別為CC和TT基因型的雞，其他基因型的雞淘汰。
[0019]較佳地，所述的步驟(1)中樣本數(shù)量為100
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1000只。
[0020]本專利技術(shù)提供了一種可檢測(cè)雞熱應(yīng)激耐受力的單核苷酸多態(tài)，并提供了檢測(cè)該兩個(gè)位點(diǎn)基因型的普通PCR引物，可快速檢測(cè)待測(cè)個(gè)體的基因型。其中兩個(gè)位點(diǎn)為CC和TT時(shí)可作為優(yōu)勢(shì)基因型對(duì)雞的熱應(yīng)激耐受力進(jìn)行選擇，為雞分子標(biāo)記輔助選育熱應(yīng)激耐受群體提供了一種有效、簡(jiǎn)單易操作、費(fèi)用低的分子遺傳標(biāo)記，為雞的熱應(yīng)激耐受力改良提供了一種有效的分子遺傳標(biāo)記。
附圖說明
[0021]圖1a～1b為雞基因組上與高溫耐受相關(guān)的選擇信號(hào)。
[0022]圖2為受選擇信號(hào)2個(gè)SNP位點(diǎn)在4個(gè)品種中的突變頻率。
[0023]圖3為2個(gè)SNP位點(diǎn)在各個(gè)群體中基因型分析。
[0024]圖4為2個(gè)SNP位點(diǎn)sanger測(cè)序圖。
具體實(shí)施方式
[0025]為了能夠更清楚地理解本專利技術(shù)的
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
，特舉以下實(shí)施例詳細(xì)說明。
[0026]實(shí)施例1
[0027]選擇中國(guó)4個(gè)不同環(huán)境生長(zhǎng)的地方品種雞包括文昌雞、東鄉(xiāng)綠殼蛋雞、藏雞和林甸雞各50只，翅靜脈采集2mL血樣于EDTA
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Na抗凝管中，利用酚
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氯仿法進(jìn)行基因組DNA提取。通過DNA質(zhì)控后基于Illumina Hiseq PE150平臺(tái)進(jìn)行全基因組測(cè)序。過略掉接頭序列(＞10nt
與適配器進(jìn)行校準(zhǔn)，允許≤10％的錯(cuò)配)，去除低質(zhì)量的序列包括≥10％未被識(shí)別的核苷酸或者＞50％且堿基測(cè)序質(zhì)量＜5的，去除建庫過程中可能產(chǎn)生的PCR重復(fù)序列。使用BWA(Burrows
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Wheeler Aligner)(0.7.8版本)軟件包將剩余的高質(zhì)量的配對(duì)序列用命令mem
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t 4
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k32 M與雞參考基因組Gallus_gallus
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5.0進(jìn)行匹配分析；同時(shí)為了減少測(cè)序前PCR擴(kuò)增產(chǎn)生的錯(cuò)配，通過SAMtools(0.1.19版本)軟件包去除重復(fù)的序列。將獲得的序列根據(jù)Gallus_gallus
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5.0基因組，使用ANNOVAR軟件包進(jìn)行SNP和InDel注釋。
[0028]選擇信號(hào)篩選：篩選思路即將高溫地區(qū)生長(zhǎng)的文昌雞、非高溫生長(zhǎng)地區(qū)的綠殼蛋雞和藏雞分別與低溫地區(qū)生長(zhǎng)的林本文檔來自技高網(wǎng)...
【技術(shù)保護(hù)點(diǎn)】
【技術(shù)特征摘要】
1.一種與雞熱應(yīng)激耐受力有關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其特征在于，所述的SNP分子標(biāo)記對(duì)應(yīng)于NCBI上雞的參考基因組(Gallus Gallus 5.0)第5號(hào)染色體第40827385位以及40829460位。2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的與雞熱應(yīng)激耐受力有關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其特征在于，所述的第5號(hào)染色體第40827385位脫氧核苷酸為A、或者是C、或者是A和C。3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的與雞熱應(yīng)激耐受力有關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其特征在于，所述的第5號(hào)染色體第40829460位脫氧核苷酸是C、或者是T、或者是C和T。4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的與雞熱應(yīng)激耐受力有關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其特征在于，所述的SNP分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示且第163為堿基是G或者是A。5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的與雞熱應(yīng)激耐受力有關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其特征在于，所述的SNP分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示且第40為堿基是G或者是A。6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的與雞熱應(yīng)激耐受力有...
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：施壽榮，邵丹，童海兵，胡艷，王強(qiáng)，張珊，肖蘊(yùn)祺，沈一茹，張安，陳靜龍，
申請(qǐng)(專利權(quán))人：江蘇省家禽科學(xué)研究所，
類型：發(fā)明
國(guó)別省市：
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