本發明專利技術公開了一種ABCG2基因檢測特異性引物和液相芯片，該液相芯片主要包括有：每種由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成的ASPE引物，所述特異性引物序列為：針對C184T位點的SEQ?ID?NO.7和SEQ?ID?NO.8；針對C229A位點的SEQ?ID?NO.9和SEQ?ID?NO.10；和/或針對C145T位點的SEQ?ID?NO.11和SEQ?ID?NO.12；有anti-tag序列包被的微球；擴增引物。本發明專利技術所提供的檢測液相芯片的檢測結果與測序法的吻合率高達100％，實現多個突變位點的野生型和突變型并行檢測。
【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及一種ABCG2基因多態性檢測特異性引物和液相芯片。
技術介紹
ABCG2 是 ABC 轉運蛋白超家族(ATP-binding cassette transportersuperfamily, ABC transporter superfamily)G 亞家族第 2 成員。ABCG2 定位于細胞膜，在正常組織中分布廣泛，主要分布于具有分泌和排泄功能的組織如胎盤合體滋養層、小腸和結腸上皮、肝臟小管膜、膽小管膜、乳腺小葉及血管內皮細胞中。人類ABCG 2基因位于4q22 23，編碼655個氨基酸殘基。ABCG 2全長66kb，由16個外顯子和15個內含子組成， 外顯子為60 332bp不等。目前已發現ABCG2基因有40多個SNPs，其中本專利技術目標檢測的3個SNPs位點最為常見。本專利技術目標檢測的ABCG2基因突變位點(多態性位點)，如表所示 序號ABCG2位點突變的內容簡寫~SEQ ID NO. 27的第184位核苷酸，發生C — T突變C184T~2SEQ ID NO. 27的第229位核苷酸，發生C — A突變C229A~SEQ ID NO. 28的第145位核苷酸，發生C — T突變C145T目前，對ABCG2基因多態性進行檢測、分析的方法很少，常見的檢測方法只有直接測序法，直接測序法是基因檢測的金標法，但由于存在檢測通量的局限性，每次只能檢測一種突變類型，不能滿足實際應用的需要。
技術實現思路
本專利技術的目的之一是提供ABCG2基因多態性檢測液相芯片，該液相芯片可用于檢測ABCG2基因三種常見基因型C184T、C229A和C145T的野生型和突變型。實現上述目的的技術方案如下一種ABCG2基因多態性檢測液相芯片，包括有(A).針對ABCG2基因不同多態性位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因多態性位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為針對C184T位點的SEQ ID NO. 7及SEQ ID NO. 8 ;針對C229A位點的 SEQ ID NO. 9 及 SEQ ID NO. 10 ;和 / 或針對 C145T 位點的 SEQ ID NO. 11 及 SEQ IDNO. 12 ;所述 tag 序列選自 SEQ ID NO. I SEQ ID NO. 6 ；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球,所述anti-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述anti-tag序列選自SEQ ID NO. 13 SEQ ID NO. 18，且所述anti-tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對；(C).用于擴增出需要檢測的、具有多態性突變位點的目標序列的引物。優選地，所述擴增引物為針對C184T、C229A位點的SEQ ID NO. 22及SEQ IDNO. 23 ;和 / 或針對 C145T 位點的 SEQ ID NO. 24 及 SEQ ID NO. 25。優選地，所述ASPE引物為針對C184T位點的由SEQ ID NO. I和SEQ ID NO. 7組成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 8組成的序列；針對C229A位點的由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO. 9組成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 10組成的序列；和/或針對C145T位點的由SEQ ID NO. 5和SEQ ID NO. 11組成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 12組成的序列。本專利技術的另一目的是提供一種用于ABCG2基因多態性檢測的特異性引物。實現上述目的技術方案如下 一種用于ABCG2基因多態性檢測的特異性引物，其為所述特異性引物序列為針對 C184T 位點的 SEQ ID NO. 7 及 SEQ ID NO. 8 ;針對 C229A 位點的 SEQ ID NO. 9 及 SEQ IDNO. 10 ;和 / 或針對 C145T 位點的 SEQ ID NO. 11 R SEQ ID NO. 12。本專利技術的主要優點在于I.本專利技術所提供的檢測液相芯片的檢測結果與測序法的吻合率高達100%，且檢測所需要的時間遠遠低于常用的測序技術，特別符合實際應用需要。所制備的ABCG2基因多態性檢測液相芯片具有非常好的信號-噪聲比，并且所設計的探針以及anti-tag序列之間基本上不存在交叉反應，tag標簽序列、anti-tag標簽序列的選取以及tag標簽序列與具體ASPE引物的結合，能夠避免交叉反應，實現多個SNP位點的并行檢測。2.本專利技術通過專利技術人長期積累的設計經驗和大量的實驗操作，從眾多的特異性引物中選取了最優的組合。所設計的ASPE引物特異性引物能夠靈敏特異地識別目標檢測的多態性位點，準確區分各種型別的基因型；在同一個反應體系中，不同的特異性引物之間、特異性引物與非目標檢測的PCR擴增產物之間基本上不存在交叉反應，檢測特異性好，交叉反應率低于3% ;除了能夠檢測單個位點突變情況，也能夠同時并行檢測多個突變位點的多態性情況，檢測效果一致。3.本專利技術的檢測方法步驟簡單，三種多態性位點檢測可通過一步多重PCR即可完成兩條含有SNP位點的目標序列的擴增，避免了反復多次PCR等復雜操作過程中存在的諸多不確定因素，因而可大大提高檢測準確率，體現了精確的同時定性、定量分析特征。4.本專利技術不僅克服了傳統固相芯片敏感性不高，檢測結果的可重復性差的缺陷，同時對現有的液相芯片技術進行改進，使得所制備微球能適用于不同的檢測項目，具有很強的拓展性。檢測的熒光信號值大大提高，從而使得檢測的靈敏度進一步得到提高，信噪比增強，檢測結果更加準確可靠。5.本專利技術中的ABCG2基因突變檢測液相芯片為多個位點多種基因型的并行檢測提供了一種不同構思的技術方案，并產生了顯著的技術效果。同時，由于高通量高特異性等技術特征，更加符合實際應用的需求。本專利技術的液相芯片技術將代表著生物靶標檢測的技術發展趨勢。具體實施方式實施例I ABCG2基因多態性檢測液相芯片，主要包括有一、ASPE 引物針對ABCG2基因三種常見基因型C184T、C229A和C145T的野生型和突變型，分別設計特異性引物序列。ASPE引物由“Tag序列+特異性引物序列”組成。ASPE引物序列如下表所示表I ABCG2基因的ASPE弓丨物序列(Tag序列+特異性引物序列)權利要求1.一種ABCG2基因多態性檢測液相芯片，其特征是，包括有 (A).針對ABCG2基因不同多態性位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因多態性位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為:針對C184T位點的SEQ ID NO. 7及SEQ ID NO. 8 ;針對C229A位點的SEQ ID NO. 9 及 SEQ ID NO. 10 ;和 / 或針對 C145T 位點的 SEQ ID NO. 11 及 SEQ ID NO. 12 ；所述 tag 序列選自 SEQ ID NO. I SEQ ID NO. 6 ； (B).有anti本文檔來自技高網...
【技術保護點】
一種ABCG2基因多態性檢測液相芯片，其特征是，包括有：(A).針對ABCG2基因不同多態性位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物：每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因多態性位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為：針對C184T位點的SEQ？ID？NO.7及SEQ？ID？NO.8；針對C229A位點的SEQ？ID？NO.9及SEQ？ID？NO.10；和/或針對C145T位點的SEQ？ID？NO.11及SEQ？ID？NO.12；所述tag序列選自SEQ？ID？NO.1～SEQ？ID？NO.6；(B).有anti？tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti？tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述anti？tag序列選自SEQ？ID？NO.13～SEQ？ID？NO.18，且所述anti？tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對；(C).用于擴增出需要檢測的、具有相應多態性位點的目標序列的引物。
【技術特征摘要】
【專利技術屬性】
技術研發人員：許嘉森，陳家欣，
申請(專利權)人：廣州益善生物技術有限公司，
類型：發明
國別省市：
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