檢測α珠蛋白基因拷貝數的方法和系統技術方案

本發明專利技術提供了一種確定核酸樣本中α-珠蛋白基因拷貝數的方法和系統。該方法包括：對所述核酸樣本進行擴增，以便得到擴增產物；針對所述擴增產物，構建測序文庫；對所述測序文庫進行測序，以便得到測序結果，所述測序結果由多個測序數據構成；確定所述測序結果中來自于所述α-珠蛋白基因的測序數據；以及基于所述α-珠蛋白基因的測序數據的數目，確定所述核酸樣本中α-珠蛋白基因的拷貝數。利用該方法，能夠有效確定所述核酸樣本中α-珠蛋白基因的拷貝數。

【技術實現步驟摘要】

本專利技術涉及生物醫學領域，具體而言，涉及a-珠蛋白基因拷貝數的方法、引物組合物、標簽組合物和系統。
技術介紹
地中海貧血(以下簡稱地貧)是ー種常見的溶血性單基因遺傳病，多發于中東、中亞、非洲、東南亞和中國南方等地區。導致地貧的分子機理是珠蛋白基因發生缺陷使其編碼的肽鏈ー種或幾種合成減少或缺失，致使血紅蛋白的組成成分比例失衡，進而導致血紅蛋白不穩定。根據缺陷的珠蛋白基因種類不同，地貧主要分為a地貧和P地貧。a地貧大部分是由于a珠蛋白基因發生缺失，部分是由突變所致，其中缺失型占90%以上；0地貧大部分由于P珠蛋白基因發生突變、小的插入或缺失，部分是由大片段缺失或a珠蛋白 基因發生重復所致。其中a珠蛋白基因包含2個HBAl基因和2個HBA2基因，其基因拷貝數變異(缺失和重復)不僅會導致a地貧也會導致P地貧，因此檢測a珠蛋白基因拷貝數對地貧診斷具有重要意義。
技術實現思路
本專利技術g在至少解決現有技術中存在的技術問題之一。為此，本專利技術的ー個方面提出了ー種能夠確定核酸樣本中a-珠蛋白基因拷貝數的方法。另ー方面提供了一種能夠有效實施該方法的確定核酸樣本中a-珠蛋白基因拷貝數的系統。根據本專利技術的實施例，確定a-珠蛋白基因拷貝數的方法包括以下步驟對核酸樣本進行擴增，以便得到擴增產物；針對擴增產物，構建測序文庫；對測序文庫進行測序，以便得到測序結果，該測序結果由多個測序數據構成；確定測序結果中來自于a-珠蛋白基因的測序數據；基于a-珠蛋白基因的測序數據的數目，確定核酸樣本中a-珠蛋白基因的拷貝數。根據本專利技術的一些實施例，上述確定a-珠蛋白基因拷貝數的方法還可以具有下列附加技術特征根據本專利技術的一個實施例，所述核酸樣本是從對象的血漿、血清、全血和ロ腔脫落細胞的至少ー種分離的。其中，所述對象為人。由此，可以方便地從生物體獲取這些樣本，并且能夠具體地針對某些疾病采取不同的樣本，從而針對某些特殊疾病采取特定的分析手段。根據本專利技術的一個實施例，所述a-珠蛋白基因為選自HBAl基因和HBA2基因的至少ー種。根據本專利技術的一個實施例，使用特異性引物組對所述核酸樣本進行擴增，其中，所述特異性引物組包含第一引物和第二引物，所述第一引物具有SEQ ID NO: I所示的核苷酸序列，所述第二引物具有如SEQ ID N0:2所示的核苷酸序列。根據本專利技術的一個實施例，所述第一引物和第二引物的至少之ー的5’端進ー步含有標簽序列，所述標簽序列為選自SEQ ID N0:5-100的至少之一所示的核苷酸序列。根據本專利技術的一個實施例，利用選自Hiseq2000、SOLID,454和單分子測序裝置的至少ー種進行所述測序。根據本專利技術的一個實施例，所述特異性引物組進一歩包括第三引物和第四引物，其中，所述第三引物和第四引物對于內參基因是特異性的，并且進一歩包括確定所述測序結果中來自所述內參基因的測序數據。根據本專利技術的一個實施例，所述內參基因是FLNB，所述第三引物具有如SEQ IDNO :3所示的核苷酸序列，所述第四引物具有如SEQ ID NO :4所示的核苷酸序列。根據本專利技術的一個實施例，所述第三引物和第四引物的至少之ー的5’端進ー步含有標簽序列，所述標簽序列為選自SEQ ID NO 5-100的至少之一所示的核苷酸序列。根據本專利技術的一個實施例，確定所述測序結果中來自于所述a-珠蛋白基因的測 序數據是通過將所述測序結果與參照序列進行比對而得到的。根據本專利技術的一個實施例，基于所述a-珠蛋白基因的測序數據的數目，確定所述核酸樣本中a-珠蛋白基因的拷貝數進ー步包括對測序結果中來自于a-珠蛋白基因的測序數據進行計數，得到數值H ;對測序結果中來自于內參基因的測序數據進行計數，得到數值C ;計算所述數值H和C的比值，得到第一參數H/C，并將所述第一參數與第一參照值進行比較；以及基于所述第一參數與所述第一參照值的比例，確定所述核酸樣本中a-珠蛋白基因的拷貝數。根據本專利技術的一個實施例，所述第一參照值是針對來自己知a -珠蛋白基因拷貝數的個體的核酸樣本進行平行實驗而得到的第一參數。根據本專利技術的一個實施例，所述第一參照值是針對來自正常個體的核酸樣本進行平行實驗而得到的第一參數。根據本專利技術的一個實施例，所述a -珠蛋白基因為HBAl和HBA2，所述測序結果中來自于所述HBAl的測序數據數目為Hl，所述測序結果中來自于所述HBA2的測序數據數目為H2，其中，基于所述a-珠蛋白基因的測序數據的數目，確定所述核酸樣本中a-珠蛋白基因的拷貝數進ー步包括計算所述數值H2和Hl的比值，得到第二參數H2/H1，并將所述第二參數與第二參照值進行比較；以及基于所述第二參數與所述第二參照值的比例，確定所述核酸樣本中a-珠蛋白基因的拷貝數。根據本專利技術的一個實施例，所述第二參照值是針對來自己知a -珠蛋白基因拷貝數的個體的核酸樣本進行平行實驗而得到的第二參數。根據本專利技術的又一方面，本專利技術提供了ー種引物組合物。根據本專利技術的實施例，該引物組合物，包含第一引物和第二引物，所述第一引物具有SEQ ID N0:1所示的核苷酸序列，所述第二引物具有如SEQ ID N0:2所示的核苷酸序列。根據本專利技術的實施例，前述的第一引物和第二引物的至少之ー的5’端進ー步含有標簽序列，所述標簽序列為選自SEQ ID NO 5-100的至少之一所示的核苷酸序列。根據本專利技術的一個實施例，本專利技術的引物組合物進ー步包括第三引物和第四引物，其中，所述第三引物具有如SEQ ID NO :3所示的核苷酸序列，所述第四引物具有如SEQID NO:4所示的核苷酸序列。根據本專利技術的一個實施例，所述第三引物和第四引物的至少之ー的5’端進ー步含有標簽序列，所述序列為選自SEQ ID N0:5-100的至少之一所示的核苷酸序列。根據本專利技術的又一方面，本專利技術提供了上述引物組合物在確定核酸樣本中a -珠蛋白基因拷貝數中的用途。根據本專利技術的又一方面，本專利技術提供了一種標簽組合物。根據本專利技術的實施例，該標簽組合物由SEQ ID NO:5-100所示的標簽構成。根據本專利技術的又一方面，本專利技術提供了一種確定核酸樣本中a-珠蛋白基因拷貝數的系統。根據本專利技術的實施例，其特征在于，包括擴增裝置，所述擴增裝置用于對所述核酸樣本進行擴增，以便得到擴增產物；文庫構建裝置，所述文庫構建裝置與所述擴增裝置相 連，并且適于針對所述擴增產物，構建測序文庫；測序裝置，所述測序裝置與所述文庫構建裝置相連，并且適于對所述測序文庫進行測序，以便得到測序結果，所述測序結果由多個測序數據構成；分析裝置，所述分析裝置與所述測序裝置相連，并且適于確定所述測序結果中來自于所述a-珠蛋白基因的測序數據；以及基于所述a-珠蛋白基因的測序數據的數目，確定所述核酸樣本中a-珠蛋白基因的拷貝數。根據本專利技術的一些實施例，用于確定核酸樣本中a-珠蛋白基因拷貝數的系統還可以具有下列附加技術特征根據本專利技術的一個實施例，進ー步包括核酸樣本分離裝置，所述核酸樣本分離裝置適于從對象的血漿、血清、全血和口腔脫落細胞的至少ー種分離核酸樣本。根據本專利技術的一個實施例，所述a-珠蛋白基因為選自HBAl基因和HBA2基因的至少ー種。根據本專利技術的一個實施例，所述擴增裝置中設置有特異性引物組，其中，所述特異性引物組包含第一引物和第二引物，所述第本文檔來自技高網...

【技術保護點】
一種確定核酸樣本中α?珠蛋白基因拷貝數的方法，其特征在于，包括：對所述核酸樣本進行擴增，以便得到擴增產物；針對所述擴增產物，構建測序文庫；對所述測序文庫進行測序，以便得到測序結果，所述測序結果由多個測序數據構成；確定所述測序結果中來自于所述α?珠蛋白基因的測序數據；以及基于所述α?珠蛋白基因的測序數據的數目，確定所述核酸樣本中α?珠蛋白基因的拷貝數。

【技術特征摘要】

【專利技術屬性】
技術研發人員：陳仕平，李劍，張現東，甄賀富，陳彩粉，張濤，王俊，
申請(專利權)人：深圳華大基因研究院，
類型：發明
國別省市：