與雞低溫耐受相關(guān)的分子標(biāo)記、引物組合及相應(yīng)的選育方法技術(shù)

本發(fā)明專利技術(shù)提供了一種鑒定雞低溫耐受品種的分子標(biāo)記、引物組成及相應(yīng)的選育方法，分子標(biāo)記位點(diǎn)位于NCBI上雞的參考基因組(Gallus Gallus 5.0)第Z號染色體第16134664核苷酸處的A>G突變與雞低溫耐受相關(guān)，能夠用于家禽低溫耐受品種的篩選，其鑒定效率及準(zhǔn)確率高。其鑒定效率及準(zhǔn)確率高。其鑒定效率及準(zhǔn)確率高。

【技術(shù)實(shí)現(xiàn)步驟摘要】
與雞低溫耐受相關(guān)的分子標(biāo)記、引物組合及相應(yīng)的選育方法


[0001]本專利技術(shù)涉及基因工程和遺傳育種領(lǐng)域，具體涉及一種與雞低溫耐受相關(guān)的分子標(biāo)記、引物組合及相應(yīng)的選育方法。

技術(shù)介紹

[0002]隨著畜牧業(yè)規(guī)模化、集約化發(fā)展，應(yīng)激因子亦越來越多。一般來說，畜禽越小，對應(yīng)激越敏感，家禽表現(xiàn)尤甚。在家禽生產(chǎn)中，不可避免地要面對各種類型的應(yīng)激，包括高溫、低溫、轉(zhuǎn)群、運(yùn)輸?shù)龋蜏厥切笄蒺B(yǎng)殖業(yè)面臨的最具挑戰(zhàn)的應(yīng)激之一。尤其在我國的冬春季節(jié)，溫度變化突然且降溫幅度大，一旦管理不當(dāng)，雞群就有可能因?yàn)槔鋺?yīng)激而引起家禽體內(nèi)酸堿失衡、內(nèi)分泌紊亂等，進(jìn)而影響家禽的生長性能的發(fā)揮，甚至引發(fā)潛在疾病，導(dǎo)致大批量死亡。目前，針對家禽冷應(yīng)激除了加強(qiáng)日常管理外，或通過提高能量、降低蛋白、添加小肽等措施改善營養(yǎng)水平，或添加維生素E、中草藥、綠茶粉等抗冷應(yīng)激物質(zhì)，但這些方式緩解效果有限，仍無法滿足臨床需要。因此，耐低溫品種的選育也是家禽養(yǎng)殖業(yè)的迫切需求。
[0003]分子育種是利用DNA分子標(biāo)記對育種素材進(jìn)行選擇的技術(shù)，能快速地提升子代的經(jīng)濟(jì)性狀。單核苷酸多態(tài)性(SNP)是目前應(yīng)用最廣、最新的分子標(biāo)記。目前國內(nèi)外關(guān)于雞低溫耐受的分子標(biāo)記開發(fā)的研究尚少，且在產(chǎn)業(yè)中缺乏可應(yīng)用于分子標(biāo)記輔助育種的標(biāo)記。因此開發(fā)耐受低溫性狀的分子標(biāo)記對家禽的健康養(yǎng)殖及加速育種進(jìn)程具有重要的意義。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

[0004]本專利技術(shù)提供了一種鑒定雞低溫耐受品種的分子標(biāo)記、引物組合及相應(yīng)的選育方法。分子標(biāo)記位點(diǎn)位于NCBI上雞的參考基因組(Gallus Gallus 5.0)第Z號染色體第16134664核苷酸處的A>G突變與雞低溫耐受相關(guān)，能夠用于家禽低溫耐受品種的篩選，其鑒定效率及準(zhǔn)確率高。為達(dá)到上述專利技術(shù)的目的，本專利技術(shù)所采用的技術(shù)方案如下：
[0005]本專利技術(shù)第一方面提供了一種與雞低溫耐受相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，所述SNP分子標(biāo)記位點(diǎn)位于NCBI上雞的參考基因組(Gallus Gallus 5.0)第Z號染色體第16134664位，所述的位點(diǎn)處堿基是A或G。
[0006]較佳地，所述分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示且第53位堿基是A或G。
[0007]較佳地，所述分子標(biāo)記的低溫耐受基因型為AA基因型。
[0008]本專利技術(shù)第二方面提供了一種用于檢測上述SNP分子標(biāo)記的引物組合，所述引物組合具體如下組成：
[0009]上游引物F：ggcctgtgcacaaattacaaca(SEQ ID NO.1)
[0010]下游引物R：gtggctgaataccactggaca(SEQ ID NO.2)。
[0011]本專利技術(shù)第三方面提供了一種選育低溫耐受的雞的方法，包括以下步驟：
[0012](1)提取雞的基因組DNA；
[0013](2)利用引物SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2對提取的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，得到擴(kuò)增產(chǎn)物；
[0014](3)對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測序，選擇測序結(jié)果中基因型為AA的群體。
[0015]較佳地，所述的步驟(2)中PCR反應(yīng)條件為：預(yù)變性94℃3min；變性94℃3s，退火58℃30s，延伸72℃1min，重復(fù)35個(gè)循環(huán)，循環(huán)外延伸72℃5min。
[0016]本專利技術(shù)通過對低溫耐受組和低溫不耐受組的雞進(jìn)行全基因組測序和生物信息學(xué)分析篩選獲得SNP突變位點(diǎn)，并通過進(jìn)一步驗(yàn)證試驗(yàn)，得到一個(gè)雞的低溫耐受分子標(biāo)記；利用本專利技術(shù)提供的分子標(biāo)記及其引物檢測鑒定雞低溫耐受的性狀，方法準(zhǔn)確可靠，操作簡單，能夠快速有效的篩選出符合要求的低溫耐受性狀，輔助選育出低溫耐受的雞品種，因此具有廣闊的應(yīng)用前景。
附圖說明
[0017]圖1為雞基因組上與低溫耐受相關(guān)的選擇信號。
[0018]圖2為受選擇信號區(qū)域SNP位點(diǎn)在4個(gè)品種中的突變頻率。
[0019]圖3為SNP位點(diǎn)在8個(gè)品種群體中的基因型分布圖。
[0020]圖4為SNP位點(diǎn)sanger測序圖。
具體實(shí)施方式
[0021]為了能夠更清楚地理解本專利技術(shù)的
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
，特舉以下實(shí)施例詳細(xì)說明。
[0022]實(shí)施例1：
[0023]選擇中國4個(gè)不同環(huán)境生長的地方品種雞包括林甸雞、藏雞、東鄉(xiāng)綠殼蛋雞和文昌雞各50只，翅靜脈采集2mL血樣于EDTA
?
Na抗凝管中，利用酚
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氯仿法進(jìn)行基因組DNA提取。通過DNA質(zhì)控后基于Illumina Hiseq PE150平臺進(jìn)行全基因組測序。過略掉接頭序列(＞10nt與適配器進(jìn)行校準(zhǔn)，允許≤10％的錯(cuò)配)，去除低質(zhì)量的序列包括≥10％未被識別的核苷酸或者＞50％且堿基測序質(zhì)量＜5的，去除建庫過程中可能產(chǎn)生的PCR重復(fù)序列。使用BWA(Burrows
?
Wheeler Aligner)(0.7.8版本)軟件包將剩余的高質(zhì)量的配對序列用命令mem
?
t 4
?
k32 M與雞參考基因組Gallus_gallus
?
5.0進(jìn)行匹配分析；同時(shí)為了減少測序前PCR擴(kuò)增產(chǎn)生的錯(cuò)配，通過SAMtools(0.1.19版本)軟件包去除重復(fù)的序列。將獲得的序列根據(jù)Gallus_gallus
?
5.0基因組，使用ANNOVAR軟件包進(jìn)行SNP和InDel注釋。
[0024]選擇信號篩選：篩選思路即將低溫地區(qū)生長的林甸雞(LDC)、藏雞(TBC)、非高溫生長地區(qū)的綠殼蛋雞(GSC)分別與高溫地區(qū)生長的文昌雞(WCC)比較篩選受選擇信號，取LDC和TBC低溫受選擇信號交集，去除GSC受選擇信號，來獲得低溫受選擇信號。篩選方法即通過基于群體分化、以哈溫平衡為前提種群遺傳學(xué)統(tǒng)計(jì)方法Fst定位受選擇信號(見圖1)，并分析和篩選受選擇信號上與低溫適應(yīng)相關(guān)的SNP位點(diǎn)(見圖2)，結(jié)果初步篩選到3個(gè)SNP位點(diǎn)，包括Z16123795、Z16134664、Z161451477這3個(gè)與低溫耐受相關(guān)的候選SNP位點(diǎn)。
[0025]實(shí)施例2
[0026]為了進(jìn)一步研究上述篩選到的3個(gè)SNP位點(diǎn)的等位基因突變頻率模式是否與低溫耐受相關(guān)，試驗(yàn)與德國聯(lián)邦動(dòng)物健康研究所溝通獲得的50只波蘭本土雞(Poland)、92只芬蘭本土雞(Finland)、40只以色列本土雞(Israel)和97只埃及本土雞(Egypt)的Affymetrix 580k芯片數(shù)據(jù)，并結(jié)合重測序分析的LDC、TBC、GSC、WCC這個(gè)四個(gè)群體3個(gè)SNP位點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)只有在Z16134664位點(diǎn)上，隨著地方品種雞生長溫度的降低，AA基因型頻率呈現(xiàn)規(guī)律性增加趨勢
(圖3)，說明不同品種地方雞AA基因型頻率與環(huán)境溫度之間有很強(qiáng)的相關(guān)性。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，該SNP位點(diǎn)突變頻率隨著雞生長環(huán)境溫度的降低而增加(表1)，進(jìn)一步認(rèn)為該位點(diǎn)(Z16134664)與低溫耐受相關(guān)。
[0027]表1 4個(gè)雞品種3個(gè)SNP位點(diǎn)突變頻率
[0028][0029]實(shí)本文檔來自技高網(wǎng)...

【技術(shù)保護(hù)點(diǎn)】

【技術(shù)特征摘要】
1.一種與雞低溫耐受相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其特征在于，所述的SNP分子標(biāo)記位點(diǎn)位于NCBI上雞的參考基因組Gallus Gallus 5.0第Z號染色體第16134664位，所述的位點(diǎn)處堿基是A或G。2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的與雞低溫耐受相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其特征在于，所述分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示且第53位堿基是A或G。3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的與雞低溫耐受相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其特征在于，所述分子標(biāo)記的低溫耐受基因型為AA基因型。4.一種用于檢測根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的SNP分子標(biāo)記的引物組合，其特征在于，所述引物組合具體如下組成：上游引物F：GGCCTGTGCACAAA...

【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：童海兵，邵丹，施壽榮，胡艷，王強(qiáng)，沈一茹，張珊，肖蘊(yùn)祺，張安，陳靜龍，
申請(專利權(quán))人：江蘇省家禽科學(xué)研究所，
類型：發(fā)明
國別省市：